Philippe JEAN-PIERRE

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• Type de publi. :
• Date de publi. : 14/10/2024
• Auteurs : Mamadou Lamine DioneEl Hadji Malick NgomPierre KengneBaye Bado NdoyeIbrahima DiengAhmed Junior LoPhilippe BoussèsThierry LefèvreJean-François TrapeMawlouth DialloIbrahima DiaCarlo Costantini
• Organismes : Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Institut Pasteur de Dakar Institut Pasteur de Dakar Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Institut Pasteur de Dakar Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Institut Pasteur de Dakar Institut Pasteur de Dakar Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Institut Pasteur de Dakar

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Résumé : Afrotropical malaria vectors Anopheles gambiae and An. coluzzii are sister species in the Gambiae complex diverging ecologically and genetically despite occasional hybridization (<1%). An exception is a region in ‘Far-West’ Africa, ranging from Guinea-Bissau to Senegal, where unusually high hybridization rates (3%-24%) have been recorded. Recent whole-genome analyses of populations from Guinea Bissau and The Gambia highlighted the occurrence of a distinct hybrid taxon having a mosaic genome inherited from the two species. This hybrid zone constitutes a suitable region where to study the genetic architecture of speciation, and identify mechanisms allowing these taxa to maintain their integrity in the face of gene flow. To characterize the genetic and eco-geographical structure of 24 populations along the Casamance river drainage basin in southern Senegal—a region lying inside the hybrid zone and in-between the localities where the hybrid taxon was reported—we carried out two surveys separated by a 5-yr interval, across a 300-km transect spanning a gradient of water salinity. More than 3,000 An. gambiae s.s. from 175 breeding sites characterized for their physico-chemical profile, were genotyped. The hybrid status of each larva was assessed by the the Divergent Islands SNP assay aimed at distinguishing parentals, hybrids, and backcross individuals. Larvae that could be considered as F1 hybrids where rare, indicating that hybridization between parentals is occasional in this region too. Hybrid genotypes on the X chromosome were markedly less than on the 2L and 3L divergence islands. A positive correlation between hybridization and salinity emerged from the distinct distribution of genotypes on the opposite sides of the salinity ecotone generated by an anti-salt dam: less hybridized genotypes prevailed in the freshwater section, while more hybridized genotypes prevailed on the saltwater side. Larvae with mostly An. coluzzii ancestry-informative markers on chromosome X clustered in populations at and just upstream of the ecotone.

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 14/10/2024
• Auteurs : Elliot Chane-SanePierre-Alexandre LeziartThomas FlayolsOlivier StassePhilippe SouèresNicolas Mansard
• Organismes : Équipe Mouvement des Systèmes Anthropomorphes Équipe Mouvement des Systèmes Anthropomorphes Équipe Mouvement des Systèmes Anthropomorphes Équipe Mouvement des Systèmes Anthropomorphes Équipe Mouvement des Systèmes Anthropomorphes Équipe Mouvement des Systèmes Anthropomorphes

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Résumé : Deep Reinforcement Learning (RL) has demonstrated impressive results in solving complex robotic tasks such as quadruped locomotion. Yet, current solvers fail to produce efficient policies respecting hard constraints. In this work, we advocate for integrating constraints into robot learning and present Constraints as Terminations (CaT), a novel constrained RL algorithm. Departing from classical constrained RL formulations, we reformulate constraints through stochastic terminations during policy learning: any violation of a constraint triggers a probability of terminating potential future rewards the RL agent could attain. We propose an algorithmic approach to this formulation, by minimally modifying widely used off-the-shelf RL algorithms in robot learning (such as Proximal Policy Optimization). Our approach leads to excellent constraint adherence without introducing undue complexity and computational overhead, thus mitigating barriers to broader adoption. Through empirical evaluation on the real quadruped robot Solo crossing challenging obstacles, we demonstrate that CaT provides a compelling solution for incorporating constraints into RL frameworks. Videos and code are available at https://constraints-as-terminations.github.io.

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Fichiers liés : ConstraintsAsTerminations-6.pdf

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 14/10/2024
• Auteurs : Olivia Desgué-ItierCécilia BarouilletIsabelle DomaizonDavid EtienneIrene Gregory-EavesAndrea LamiErwan MessagerPierre SabatierJulie RotschiJean-Philippe Jenny
• Organismes : Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques CNR Institute of Ecosystem Study Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques

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Résumé : Au cours du XXe siècle, l'eutrophisation a entrainé l’augmentation de la production primaire et favorisé la séquestration du carbone sédimentaire (C) dans les lacs à travers le monde. Cependant, les effets de la restauration des plans d’eau et de leur ré-oligotrophisation sur la séquestration du C ne sont pas encore bien documentés. Dans cette étude, nous utilisons une démarche de rétro-observation par l’utilisation d’archives sédimentaires dans quatre grands lacs périalpins de l’observatoire OLA (Léman, Annecy, Bourget et Aiguebelette) pour étudier les taux d’accumulation de C et les facteurs de contrôle tels que les apports allochtones de carbone, la production primaire et les conditions de préservation liées à l’oxygénation. Nos résultats montrent que le C séquestré n’a cessé d’augmenter dans les quatre lacs au cours des 150 dernières années, en raison des apports en nutriments. Durant les années 1950-1990, l’enrichissement en nutriments a entrainé l’augmentation de la biomasse phytoplanctonique et la désoxygénation des couches profondes qui ont permis d’augmenter la séquestration du carbone. Malgré les efforts déployés au cours des trois dernières décennies pour diminuer les apports de nutriments issus du bassin-versant, la séquestration du C a continué d’accroitre, ce que nous attribuons à la diminution des conditions d’oxygénation ainsi qu’à un maintien dans certains lacs, notamment le Léman, d’une production primaire relativement forte. Globalement, notre étude met en évidence une série de processus pouvant influencer l'enfouissement du C au fil du temps dans ces grands lacs périalpins. A ce jour, la réduction des apports en nutriments a conduit à l’amélioration de la qualité des eaux alors que le réchauffement climatique entraine une augmentation du stockage du C.

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• Type de publi. :
• Date de publi. : 14/10/2024
• Auteurs : Jean-Pierre DujardinPhilippe SolanoJohn W HargroveEmrah NazifWillie BrinkPietro LandiDylan Geldenhuys
• Organismes : Interactions hôtes-vecteurs-parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatides Interactions hôtes-vecteurs-parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatides Stellenbosch University Stellenbosch University Stellenbosch University Stellenbosch University

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Résumé : Digitization of anatomical landmarks is a critical process in geometric morphometrics, challenged by the labor-intensive, and error-prone nature of manual methods. Application of machine learning or AI-automation is accordingly highly anticipated, but only a few publications have so far reported success in this area and offered suitable software. Such an application would be highly beneficial, particularly when dealing with abundant material. It is recommended that users (human) repeat their manual digitizing at least once to verify their own precision. User error is generally less than the inter-user error, i.e., the discrepancies observed when different operators digitize the same objects. This inter-user error is generally high, preventing data digitized by different operators from being used together. The use of automated digitization by AI is still in its infancy and requires a clear answer to a few questions. Two of them are: - Do different AI-based software produce differences when digitizing the same objects? - Is AI-based software built for species A effective for digitizing species B? We present a first analysis which provides elements of answer to these two questions. Our methodology involves the repeated digitization of a diverse set of landmarks on multiple species by both AI algorithms and human experts, measuring precision and inter-user variability.

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• Type de publi. :
• Date de publi. : 14/10/2024
• Auteurs : Annia Alba MenéndezRuben ScholsAntonio VazquezJorge SanchezPhilippe DouchetDominique FaugèreMaximilien QueronMathilde JaquetEllen DecaesterckerTine HuyseJean-Pierre PointierSylvie Hurtrez-BoussèsOlivier ReyBenjamin Gourbal
• Organismes : Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Royal Museum for Central Africa [Tervuren] Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Pedro Kouri Institute of Tropical Medicine Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Royal Museum for Central Africa [Tervuren] Institute of Tropical Medicine [Antwerp] Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements

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Résumé : The expansion of Pseudosuccinea columella snails worldwide has boosted Fasciola transmission. Most P. columella are susceptible to F. hepatica but a few field-occurring populations are resistant to the parasite in association with a potent immune response possibly based on gene-for-gene interactions. The microbiota plays a critical role in training the host’s immune system, while the immune system orchestrates the maintenance of key features of host-microbe symbiosis. Hence, we hypothesized that a distinct microbiome signature exists in resistant P. columella in relation to its genetic/phenotypic identity that is maintained across ecological contexts and that adds host fitness for resistance. The microbiome, the infection and the genetics of resistant and susceptible populations were characterized at G0 (field generation; occurring in sympatry or allopatry) and G2 (2nd lab-generation). Overall, the microbiome composition of resistant snails was site-specific but the microbiome of resistant differs from susceptible snails, even in sympatry. A clearer genotype-wise segregation was observed in lab-G2. Spatio-temporal shifts (G0-G2) reduced microbiome diversity, homogenizing variability and conserving population/phenotype identity. Dysbiosis after experimental exposure to F. hepatica was observed, following similar kinetics but still completely segregated phenotype wise. Parasite exposure also resulted in specific microbiota signatures that varied as infection/exposure progresses. An association of resistant snails with certain genera (Pirellula, Luteobacter, Roseomonas) and Phyla (Genmetimonadota, Halanaerobiaeota) was depicted. To answer if the microbiome has a significant effect on host resistance to F. hepatica infection in P. columella, experimental approaches of microbiome transfer from one phenotype to the other, in cross-combinations, are ongoing.

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 14/10/2024
• Auteurs : Annia Alba MenéndezPhilippe DouchetOlivier ReyD. FaugèreJoaquín López-SorianoSergio Quiñonero-SalgadoP. AldaJuliette LangandNicolás BonelJean-Pierre PointierSylvie Hurtrez-BoussèsBenjamin GourbalAntonio Vazquez
• Organismes : Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement Centre d'Etude sur le Polymorphisme des Micro-Organismes Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 11/10/2024
• Auteurs : Philippe Arguel
• Organismes : Université Toulouse III - Paul Sabatier Équipe Photonique

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Résumé : De tout temps, la lumière a fasciné l’être humain qui a cherché sans relâche à la domestiquer. Au-delà de sa fonction évidente d’éclairage et de vecteur d’informations, sa maîtrise a connu des progrès considérables grâce au développement de la photonique apparue voilà un quart de siècle. La photonique a ainsi permis à la lumière d’inonder de nombreux domaines de notre vie quotidienne : télécommunications, internet, télémétrie, médecine, chirurgie, stockage de données, … Mais qu’est-ce au juste que la photonique ? Dans un premier temps, la conférence proposera de répondre à cette question, de façon simple et illustrée. On verra comment la photonique est devenue l’art de maîtriser la lumière, ses couleurs, ses intensités, ses effets parfois inattendus, et quel rapport elle peut entretenir avec le noir… Dans un second temps, on s’intéressera au Noir et à sa maîtrise au travers de l’œuvre de Pierre Soulages…

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 10/10/2024
• Auteurs : Philippe DiestÉmilie d'OrgeixPierre-Jean SouriacLaurent VissièreNicolas FaucherreCristina Mazzoni
• Organismes : ComMUnication, Société, Environnement Institut de Recherches Historiques du Septentrion (IRHiS) - UMR 8529 Histoire de l’art, des représentations et de l’administration dans l’Europe moderne et contemporaine Conflictualités LAboratoire de Recherche Historique Rhône-Alpes - UMR5190 Religions et croyances Laboratoire d'Archéologie Médiévale et Moderne en Méditerranée Centre de recherches en histoire internationale et Atlantique - UR 1163

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• Type de publi. : Rapport
• Date de publi. : 09/10/2024
• Auteurs : Jean-Claude GregoireMartin GodefroidHervé JactelRaphaëlle MouttetCecile RobinAlain RoquesThomas Le BourgeoisThierry CandresseNicolas DesneuxSandrine EveillardPhilippe Castagnone-SerenoFlorence FontainePascal GentitLucia GuerinBruno HostachyEleni KazakouChristophe Le MayEric LombaertDavid MakowskiCharles ManceauArnaud MontyMaria Navajas NavarroAurélien SalleFrédéric SuffertStéphan SteyerPierre-Yves TeycheneyEric VerdinFrançois VerheggenXavier Tassus
• Organismes : Université libre de Bruxelles Museo Nacional de Ciencias Naturales [Madrid] Centre de Biologie pour la Gestion des Populations Biodiversité, Gènes & Communautés Laboratoire de la santé des végétaux Biodiversité, Gènes & Communautés Zoologie forestière Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations Département Systèmes Biologiques Biologie du fruit et pathologie Institut Sophia Agrobiotech Biologie du fruit et pathologie Institut Sophia Agrobiotech Université de Reims Champagne-Ardenne Laboratoire de la santé des végétaux Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine Laboratoire de la santé des végétaux Institut Agro - Montpellier SupAgro Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes Institut Sophia Agrobiotech Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement Université de Liège = University of Liège = Universiteit van Luik = Universität Lüttich Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement Université d'Orléans BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture Centre wallon de Recherches Agronomiques [Belgique] = Walloon Agricultural Research Centre [Belgium] Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement Unité de Pathologie Végétale Université de Liège = University of Liège = Universiteit van Luik = Universität Lüttich Laboratoire de la santé des végétaux

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Résumé : Dans le cadre de la surveillance des organismes réglementés ou émergents (SORE), un dispositif de piégeage a été déployé par la DGAL en 2021 avec l’appui de l’INRAE et de l’ONF. L’objectif de ce dispositif est d’effectuer une surveillance passive dans les sites d’entrée potentiels (ports, aéroports, marché d’intérêt national (MIN) des organismes réglementés ou émergents. Ce piégeage est qualifié de « large spectre » car il peut concerner plusieurs filières de production suivies dans le cadre de la SORE (forêts, jardins et espaces verts et infrastructures (JEVI), arboriculture fruitière) en ciblant cependant majoritairement les insectes coléoptères des ligneux. Les principes de la surveillance mise en œuvre s’appuient sur les résultats précédemment acquis dans le cadre du projet PORTRAP, utilisant des pièges génériques multi-composés pour la détection précoce d’insectes exotiques xylophages dans les sites potentiels d’entrée sur le territoire national. Les pièges ont été disposés sur 13 sites (7 ports maritimes, 1 port fluvial, 4 aéroports et 1 marché national) dispersés sur le territoire (France continentale). Au total 9279 individus appartenant à 110 espèces différentes ont été capturés. Aucune espèce d’insecte de quarantaine prioritaire n’a été piégée. En revanche, la présence d’individus appartenant à 8 espèces de coléoptères exotiques, a priori non répandues sur notre territoire, des familles Cerambycidae et Curculionidae (sous-familles des Scolytinae et Platypodinae) a été relevée. Les 8 espèces d’insectes exotiques sont les suivantes : Cerambycidae : Cordylomera spinicornis (Fabricius, 1775), Trichoferus campestris (Faldermann, 1835), Xylotrechus chinensis (Chevrolat, 1852), Xylotrechus stebbingi Gahan, 1906 ; Curculionidae : Amasa sp. near truncata, Euplatypus hintzii (Schaufuss, 1897), Euplatypus parallelus (Fabricius, 1801), Xyleborus affinis Eichhoff, 1868. Ainsi, il est demandé la réalisation d’une catégorisation des 8 espèces d’insectes exotiques en utilisant les critères de risque listés ci-dessous, afin de déterminer leur nuisibilité et de prioriser sur cette base la réalisation d’analyses de risque portant sur ces insectes. Critères de risque a. Caractéristiques des espèces - Cycle biologique, - Plantes hôtes, - Symptômes, - Aires de distribution, - Nuisibilité dans ces aires de distribution, - Probabilité d’entrée et de transfert vers les plantes hôtes. b. Probabilité d’établissement - Présence d’hôtes appropriés, conditions climatiques et autres facteurs abiotiques favorables à l’établissement des 8 espèces d’insecte dans la zone ARP, - Identification d’ennemis naturels potentiels dans la zone ARP, et d’autres facteurs biotiques ainsi que les pratiques culturales pouvant contribuer à empêcher leur établissement, - Définition des zones d’établissement potentielles dans la zone ARP. c. Probabilité de dissémination - Moyens de dissémination (naturelle et assistée) dans la zone ARP, - Magnitude de la dissémination des 8 espèces d’insecte. d. Conséquences potentielles - Évaluation de l’impact économique en terme de production, associé aux 8 espèces d’insectes pour l’agriculture, la sylviculture et l’horticulture dans leur zone de répartition géographique actuelle et dans la zone ARP, - Évaluation de l’impact en JEVI dans la zone ARP. e. Conclusions des catégorisations des organismes nuisibles Dans cet avis, la catégorisation de Trichoferus campestris est présentée.

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• Type de publi. : Rapport
• Date de publi. : 09/10/2024
• Auteurs : Marie-Bérengère TroadecFlorian GuillouBernard KlonjkowskiFrançois Moreau-GaudryLaurence VernisElisabeth BaézaL.P. BelzuncesChristophe BoëteRémy CachonMarie-Christine ChagnonOlivier FirmesseMichel GautierPhilippe GuercheClaire HellioNolwenn HymeryValérie Le CorreMatteo LenerDavid MakowskiJulie MalletMarianne MazierFrançois MeurensSergio OchattPierre RougePatricia TaillandierCorinne TeyssierDylan CherrierLucie EyraudYoussef El-Ouadrhiri
• Organismes : Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (UMR 1078) Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] École nationale vétérinaire d'Alfort BoRdeaux Institute of onCology Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Biologie des Oiseaux et Aviculture Abeilles et Environnement Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier Aliment, Fermentation, Interaction, Microbiote Institut Agro Dijon Détection et métabolisme des lipides et des contaminants alimentaires dans la sphère oro-digestive : NUTOX (CTM UMR 1231) Staphylocoques, Bacillus, Clostridies, Lait Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du végétal Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne Agroécologie [Dijon] Mathématiques et Informatique Appliquées Laboratoire de la santé des végétaux Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement Université de Montréal Université Toulouse III - Paul Sabatier Laboratoire de Génie Chimique Université de Montpellier Direction de l'Evaluation des Risques Direction de l'Evaluation des Risques Direction de l'Evaluation des Risques

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Résumé : Depuis le 1er janvier 2022, conformément à l’ordonnance n°2021-1325 du 13 octobre 2021 et au décret n° 2021-1905 du 30 décembre 2021, l’Anses reprend les missions du Haut Conseil des Biotechnologies (HCB) concernant l’évaluation des risques pour l’environnement et la santé publique de l’ensemble des utilisations de biotechnologies en milieu ouvert, qu’il s’agisse de plantes, d’animaux, de micro-organismes, ou de médicaments. Ces missions comprennent l’évaluation des risques environnementaux (ERA – Environmental risk assessment) liés à la dissémination volontaire de médicaments à usage humain ou vétérinaire contenant des OGM ou consistant en de tels organismes. Des documents guides et des documents de réflexion relatifs à l’ERA des médicaments OGM sont disponibles à l’échelle communautaire, permettant notamment aux pétitionnaires d’identifier les éléments nécessaires à la constitution de leur dossier et au respect de la méthodologie attendue notamment par l’Agence Européenne du médicament (EMA). En complément de ces documents, des formulaires simplifiés (common application forms) ont également été élaborés au niveau de l’Union européenne et approuvés au niveau national, notamment pour les demandes d’autorisation liées à certaines catégories de médicaments OGM à usage humain. Cependant, ce corpus de documents encadrant l’évaluation des risques liés à la dissémination volontaire d’OGM dans l’environnement restant assez général et non contraignant. Aussi, l’Anses a décidé de s’autosaisir (cf. décision en Annexe I) afin de mener une réflexion ayant pour objectif d’établir une grille d’évaluation la plus complète possible, et adaptée à chaque type de produit et aux possibilités techniques actuelles. Les lignes directrices de l’Anses associées à ces grilles d’évaluation ont vocation à être applicables aux différents types de dossiers de demande d’autorisation associée à la dissémination volontaire de médicaments à usage humain ou vétérinaire contenant des OGM ou consistant en de tels organismes, en portant une attention particulière aux méthodes d’analyse attendues en support à l’ERA. Le champ d’application de ces lignes directrices concerne les risques pour la santé (hors organisme bénéficiaire du médicament) et l’environnement associés à l’utilisation de médicaments à usage humain ou vétérinaire contenant des OGM ou consistant en de tels organismes. Les risques concernant la sécurité du patient ou des animaux traités par ce type de médicaments ne relèvent pas de l’ERA et ne sont ni abordés dans le présent avis, ni concernés par ces lignes directrices.

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Fichiers liés : PGM2022AUTO0167.pdf

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