Philippe JEAN-PIERRE

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 18/09/2024
• Auteurs : Vincent CamusMathieu ViennotPierre-Julien ViaillyFanny DrieuxElena-Liana VeresezanVictor BobéeVinciane RainvilleElodie BohersPierre SesquesCorinne HaiounEric DurotMichael BayaramCédric RossiLaurent MartinDominique PentherSophie KaltenbachJulie BruneauJérôme PaillassaOlivier TournilhacNicolas GowerAlexandre WillaumeChloe AntierLoïc RenaudEmilie LevequePierre DecazesStéphanie BeckerDavid TonneletPhilippe GaulardHervé TillyThierry MolinaAlexandra Traverse-GlehenMarie DonzelPhilippe RuminyFabrice Jardin
• Organismes : Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Cancer and Brain Genomics Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Cancer and Brain Genomics Cancer and Brain Genomics Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Cancer and Brain Genomics Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen CHU Rouen Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Cancer and Brain Genomics Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Cancer and Brain Genomics Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] Hôpital Henri Mondor Hôpital Robert Debré Hôpital Robert Debré CHU Dijon CHU Dijon Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Université Paris Descartes - Paris 5 Centre Hospitalier Universitaire d'Angers CHU Estaing [Clermont-Ferrand] Role of intra-Clonal Heterogeneity and Leukemic environment in ThErapy Resistance of chronic leukemias Centre d'Investigation Clinique [CHU Clermont-Ferrand] Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Hôpital Saint Vincent de Paul [Lille] Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital Institut Gustave Roussy Département d'hématologie [Gustave Roussy] Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Analyse intégrée multimodale en santé Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Analyse intégrée multimodale en santé Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Hôpital Henri Mondor Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Cancer and Brain Genomics Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] Immuno-Biologie des Lymphomes [CIRI] Hospices Civils de Lyon Immuno-Biologie des Lymphomes [CIRI] Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Cancer and Brain Genomics Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen Cancer and Brain Genomics
• Publié dans Blood Advances le 24/10/2020

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Résumé : Few data exist regarding the tumor B-cell receptor (BCR) repertoire and lymphoid microenvironment in primary mediastinal B-cell lymphoma (PMBL). We applied 5' rapid amplification of cDNA ends (5'RACE) to tumor RNA samples from 137 PMBL patients with available gene expression profiling and next-generation sequencing data. We obtained 5'RACE results for 75/137 (54.7%) patients, with clinical characteristics as follows: median [min-max] age, 33 [18-64] years; female, 53.3%; ECOG score 0-1, 86.7%; stage I-II, 57.3%; 1st-line treatment with anti-CD20 plus ACVBP, 72%; CHOP14, 14.7%; CHOP21, 13.3%. Among the 60 biopsies that expressed a productive BCR, we highlighted a strong somatic hypermutation profile with 58 (96.7%) patients carrying mutated IgVH, defined as <98% identity to the germline sequence. We then identified a subgroup of 12/75 patients (16%) with a worse prognosis (progression-free survival (PFS): HR [95% CI]=17 [3.2-88]; overall survival (OS): HR=21 [2.1-210]) associated with the highest clonal dominance status (HCD), defined by the dominant clonotype representing >81.1% and >78.6% of all CDR3 sequences for IgVH and IgVL, respectively. Compared to other patients, this subgroup had similar clinical characteristics but a greater median allele frequency for all somatic variants, decreased BCR diversity, and greater expression of PDL1/PDL2 and MS4A1 genes, suggesting a greater tumoral infiltration. According to a multivariate model integrating AID expression and BCR diversity, only HCD status was associated with outcome (PFS: HR=14.6 [2.46-86.8]; OS: HR=11.4 [1-128.8]). We confirmed this poorer prognosis in an independent cohort, in which 6/37 (16%) patients exhibited HCD (PFS: HR=12 [3-46]; OS: HR=17 [1.8-170]).

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 18/09/2024
• Auteurs : Nicolas MartinJean-Pierre ChevalletPhilippe MulhemGeorges Quénot
• Organismes : Modélisation et Recherche d’Information Multimédia [Grenoble] PEEKTORIA Modélisation et Recherche d’Information Multimédia [Grenoble] Modélisation et Recherche d’Information Multimédia [Grenoble] Laboratoire d'Informatique de Grenoble Modélisation et Recherche d’Information Multimédia [Grenoble]

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Résumé : Segmentation of medical images using learning based systems remains a challenge in medical computer vision, as training a segmentation model requires exhaustively annotated medical images by experts, which are difficult and expensive to obtain. In the context of melanoma segmentation, we explored active learning methods to combine human annotation for the most uncertain pixels with model predictions for the others. With only around 30% of the images annotated, we achieved performance similar to that obtained with a fully annotated dataset. We also demonstrated that, after a few iterations, experts can focus on annotating only the most uncertain areas of the images, relying on the model for the rest. These approaches pave the way for accelerating the annotation of unlabeled medical datasets and optimizing the use of medical expertise in deep learning projects.

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Fichiers liés : camera_Ready_V2_2024253146.pdf

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 18/09/2024
• Auteurs : Antoine GavoilleEmmanuelle LerayFabien RollotRomain CaseyGuillaume MatheyLaure MichelJérôme de SèzeJonathan CironAurélie RuetElisabeth MaillartPierre M LabaugeThi Helene ZephirDavid-Axel LaplaudCaroline PapeixGilles-Louis DeferThibault MoreauEric BergerBruno StankoffPierre ClavelouEric ThouvenotOlivier HeinzlefJean PelletierAbdullatif Al KhedrOlivier CasezBertrand BourrePhilippe CabreAbir WahabLaurent MagyJean-Philippe CamdessanchéInes DoghriSolène MoulinHaifa KhaledCéline LabeyrieKarolina HankiewiczAmélie dos SantosCorinne PottierChantal NifleÉric ManchonBertrand LapergueChristine Lebrun-FrénaySandra Vukusic
• Organismes : Recherche sur les services et le management en santé Arènes: politique, santé publique, environnement, médias École des Hautes Études en Santé Publique Département Méthodes quantitatives en santé publique Observatoire Français de la Sclérose En Plaques [Lyon] Observatoire Français de la Sclérose En Plaques [Lyon] Centre Hospitalier Universitaire de Nancy Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou] Centre d'Investigation Clinique [Rennes] Microenvironment and B-cells: Immunopathology,Cell Differentiation, and Cancer Centre Hospitalier Universitaire [Strasbourg] Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rothschild [Paris] CHU Caen Normandie – Centre Hospitalier Universitaire de Caen Normandie Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand CHU Louise Michel [Clermont-Ferrand] Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon CHU Amiens-Picardie Centre Hospitalier Universitaire [CHU Grenoble] CHU Rouen CHU Limoges CHU Trousseau [Tours] Hôpital universitaire Robert Debré [Reims] Centre hospitalier universitaire de Poitiers = Poitiers University Hospital Hôpital Foch [Suresnes] Centre Hospitalier Universitaire de Nice Hospices Civils de Lyon

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 17/09/2024
• Auteurs : Vincent CosmeNicolas MassartFlorian ReizineAnaïs MachutCharles-Hervé VacheronAnne SaveyArnaud FriggeriAlain LepapeSerge AlfandariAlexandra AllaireAntonio AlvarezAmmenouche NacimLaurent ArgausGérard AudibertCaroline AurelOdile BajoletFrédéric BarbutGenevieve BarjonPatricia BauneSébastien BeagueBassam BeilounyNicolas BeleNicolas BelinCécile BernerdYasmina BerrouaneAziz BerroubaJulie BertrandClaire BianchiSandrine BiangomaFabienne Birot JaulinSeverine BonjeanStéphanie Bordes-CouecouAbdenour BouharaPhilippe BouillardCéline BourigaultSylvie BourzeixSébastien BoutreuxHanene BouzidiJulie BrochartStéphanie BulyezMarie CallanquinNathalie CanuMatthieu CapronDaniel CarbognaniVincent CastelainVincent CataneseIsabelle CattaneoVanessa ChartierGuillaume ChassaingRobert ChaussetMélanie ChauvetFabrice ChopinCatherine ChubilleauCéline ClayerAgnès CohenSylvie ComparotPhilippe CorneMarie-Elisabeth CornesseGaelle CornoEsther CortesPatricia CouroubleChristian CrombeVéronique CurnierMonzer DabbachiCédric DananchéAbla DaroukhDamien DassantMartine DaumasAurélien DauratDominique DeffargesFanny DelangheOlivier DelastreJoel DelhommeJean Paul DéliasMartine DelormeFabienne DerramondFrédérique DiawIsabelle DijolsKamel DjedainiLoic DopeuxSophie DuhooThierry DulacClarisse DupinLaurène DupontMichel DurandIsabelle Durand JolyJean-Yves DusseauPierre Yves EgreteauCarole EldinFlorence EspinasseEric FarfourAbdelhamid FatahYannick FedunLuis FerreiraPierre FillatreToufic FingeVéronique FleurialArnaud FlorentinAgnès FribourgSeverine Gallais-HoffClaude GallandRichard GalliotSylvain GarnierGaelle GasanJulien Gaubert-DuclosValérie GauzereThomas GeffriaudIsabelle GeneauHughes GeorgesSolweig Gerbier ColombanChristophe GiacardiSebastien GibotAudrey GlanardMarion GleizeMarieline GoretMichele GourguesDelphine GrauBéatrice GrisiClotilde GroleauLiliane Grolier-BoisCatherine GuignabertFethi Hadj-SlimaneEmmanuelle HammadCatherine HaondMarie Hélène HausermannFrancoise HayoChristophe HenryAlexandre HerblandJulien HuntzingerHervé HyvernatAlexandre JeanBoris JoliboisSylvie JoronGauthier JulienJean KempfLyes KnaniBéatrice La CombeMarie LabruyereSandrine LacroixBruno LafonKatia LamantPeggy LarroudéAnne LaunoyBernadette LaurentThierry LavigneChristine LawrenceQuoc Vien LeMuriel Le CoqAnne-Sophie Le FlochFanny Le FallBrigitte Le TallecLucie LecoutreStanislas LedochowskiRusel LeonClaire LepouseThomas LescotMélanie LevrardMarie Laure LierAnne LignereuxBenjamin LouartClaire MaheuAurélie MaindronFrancois MallardMarie Reine MallaretBernard MankikianChristiane ManzonPhilippe MardrusJacques MariotAudry MartinEmmanuelle MartinMaelle MartinPascale MartresVirginie MaximeOlivier MeunierElla-Pauline MeyerFerhat MezianiSébastien MoschiettoCéline MullerElodie Munier-MarionCaroline NeulierFrançois NicolasJacques-Yves NizouChristine PalittaMichel PascalOlivier PassouantRené-Gilles PatrigeonFrédérique PavillardSabine PeghaireChristophe PerdrixJean-Sebastien PetitJudith PibreWalter PicardSylvie PicaultSantiago Picos GilJérôme PillotPatrick PinaRémi PlattierLaurent PoironChristian PommierGaël PradelCristian PrelipceanPaul-Simon PugliesiVincent QueneeOlga RaposoEve RemySabine Reynaud DeforgesJean-Christophe RichardSylvie RicomeThomas RimmeleAdrien RobineAnne-Claude RocheLaetitia RohrGwenaël Rolland-JacobAdrien RoquesCatherine RougierJérôme RoustanMélanie Saint-LegerFaouzi SalibaDominique SechaudAmine Si-AliCatherine SimacGeorges SimonMichel SirodotVincent StoeckelPhilippe TagawaMarine TasleFabrice ThiollièreBenoit ThiphagneAurélie Thomas-HervieuFrançois TinturierAlexandre TonnelierAlexandre ToroDavid TranvanDominique TrivierGilles TrochéRémi TrussonLionel UrsuletMarie Laure ValdeyronCatherine ValletVanessa van RossemLaurence VasseMyriam VenelleChristine VenotAntoine Vieillard-BaronJean-François VincentMichel VitrisHussein YassineLassane ZanreCecile Zylberfajn
• Organismes : Hydrosciences Montpellier CHU de Montpellier, Service de Prévention des infections et de la Résistance
• Publié dans Intensive Care Medicine le 27/10/2020

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Résumé : Purpose: We aim to evaluate the association between central venous catheter (CVC) insertion site and microbiological CVC complications in a nationwide cohort. Methods: This study was conducted using the healthcare-associated infection surveillance cohort "REA-REZO" involving 193 intensive care units (ICUs). All CVC inserted and removed during the same ICU stay between January 1st 2018 and December 31st 2022 were eligible but only those whose tips were sent for microbiological analysis were included. Primary objective was to describe CVC insertion sites and subsequent catheter-related bloodstream infection (CRBSI). Results: Out of 126,997 CVCs, 71,314 were not sent for tip culture, and only 55,663 CVCs were included, (30,548 in internal jugular [IJ], 14,423 in femoral and 10,692 in subclavian [SC] sites). The incidence of CRBSI was 0.7 [0.6-0.8] in the IJ site, 0.7 [0.6-0.9] in the femoral site, and 0.6 [0.4-0.7] CRBSI per 1000 CVC days in the SC site (p = 0.248). The multivariable Poisson regression model showed no differences of CRBSI incidence rates between the three insertion sites. Microorganisms observed in CRBSI were coagulase-negative Staphylococci (27.9%), Enterobacterales (27.5%), non-fermenting Gram-negative Bacilli (10.4%), Candida sp. (16.9%), and Staphylococcus aureus (16.9%). Conclusion: Low CRBSI incidence rates were reported. CRBSI incidences rates were similar in the three insertion sites. Uncertainty remains due to potential selection bias since many CVCs had to be excluded.

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 17/09/2024
• Auteurs : Jean-Philippe JennyLaurent MilletRonny LauerwaldFanny ColasHélène MasclauxYves PrairiePierre RegnierAdam AliFabien ArnaudNuno CarvalhaisVincent ChanudetEmmanuel ChapronPatrick DurandIsabelle DomaizonÉtienne DambrineMathieu DellingerDavid EtienneJérôme GaillardetDidier GalopDavid GateuilleCharline Giguet-CovexOlivia Itier-DesguéDidier JezequelEmilie LyauteyLaurent MarquerFlorence MazierThéo MazureErwan MessagerJérôme PoulenardDamien RiusPierre SabatierGeorges-Marie SaulnierAnaëlle SimonneauLaura SoaresViet Tran KhacValérie VerneauxPhilippe Ciais
• Organismes : Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) UNESCO Chair in Global Environmental Change Biogeochemistry and Modeling of the Earth System Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne Department of Biogeochemical Integration [Jena] EDF, Environment and Social Department Géographie de l'environnement Sol Agro et hydrosystème Spatialisation Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Institut de Physique du Globe de Paris Géographie de l'environnement Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Department of Botany Géographie de l'environnement Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne Institut des Sciences de la Terre d'Orléans - UMR7327 Géosciences pour l'énergie & l'environnement Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]
• Publié dans Research Ideas and Outcomes le 30/10/2020

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Résumé : Lentic waters are biogeochemical reactors, producing and receiving carbon (C) originally fixed by the terrestrial and aquatic biosphere, which is then buried in sediments or respired back to the atmosphere in the forms of carbon dioxide (CO 2 ) and one of the more potent greenhouse gas (GHG) methane (CH 4 ). Additionally, lakes serve as archives of terrestrial and aquatic carbon processes within their sediments, enabling the reconstruction of historical changes spanning thousands of years. These changes encompass alterations in land cover, indicated by pollen records, soil carbon erosion and shifts in lake productivity resulting from changes in land use and climate. Both the burial of C in lakes and the emissions of GHGs are recognised as important components of Earth's climate system, yet they remain poorly understood and constrained due to inadequate quantities and qualities of observations. In the case of GHG emissions from lakes, observations are often sporadic, failing to capture the significant spatial and temporal variations in emissions across diverse lentic systems. To address this challenge, process-based models that incorporate the interconnected biogeochemical processes occurring within lakes and their watersheds would arguably be the best tool to extrapolate from site-level observations to regional and finally global scales, to quantify the anthropogenic impact on these fluxes and to reconstruct long-term shifts in emissions and burial due to changes in land cover and climate. However, the development and evaluation of such models is hampered by the lack of observations in sufficient quality. In this project, we bring together a unique consortium of specialists in aquatic ecology, biogeochemistry, palynology, sedimentology and modelling of terrestrial and aquatic biogeochemistry. This project will put forth a national programme of systematic, long-term observations of lake GHG and C cycling processes of unmet detail, consistency and quality. First, at 40 pilot sites spanning typological and environmental gradients, there will be a comprehensive data acquisition endeavour to evaluate biological processes and mesological factors influencing the sequestration or recycling of organic carbon. This effort will be complemented with a synthesis of existing data (WP1). Second, based on well-dated sediment records, which include both newly-acquired and synthesised existing data, variability of lake C burial and their climate and land-use controls will be reconstructed over the past 150 years (WP2). For 15 of these pilot sites, reconstruction will go back until the mid-Holocene (5,000 years BP), allowing us to shed light on the anthropogenic perturbation of the C cycle in this earlier part of human history, which is commonly excluded from this type of research due to lack of information. The activities of these first two WPs will result in an open-source national database, guaranteeing valorisation of our research far beyond this project. In WP3, we will use the land surface model (LSM) ORCHIDEE C-lateral to assess C cycling in the terrestrial biosphere and the mobilisation of biospheric C into lakes, which is possible due to an explicit representation of soil C leaching and erosion processes and a downscaling scheme permitting us to assess C exports from watersheds at sub-grid scale. While LSMs are used to assess evolution of biospheric C budgets from the beginning of the Industrial Period, we will use it to hindcast the evolution since the mid-Holocene, using lake sediment records for model validation. Moreover, we will develop a new process-based lake C model supported by the database established in WPs 1 and 2, which we will couple to ORCHIDEE C-lateral to simulate lake C burial and GHG emissions in response to climate and processes in the lake watershed. This model set-up will first be used to better constrain contemporary large-scale lake GHG emissions and to disentangle the anthropogenic perturbation of these fluxes from the natural background flux. These estimates will be revolutionary, as they will allow attributing part of lake GHG emissions to anthropogenic emissions for national GHG budget reporting. Then, these models will be emulated to reconstruct evolution of lake GHG budgets and C budgets of the whole lake watershed since the mid-Holocene. While simulations will first be performed at the scales of France and Europe, the development of international partnerships to implement observations from other biomes (WP4) will finally support simulations at the global scale.

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Fichiers liés : Jenny et al 2024.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 17/09/2024
• Auteurs : Maël HeibligClément GourguechonPhilippe GuilpainCristina Bulai-LivideanuStéphane BareteYannick ChantranJulie AgopianFabienne BrenetPatrice DubreuilJérémie LespinasseRichard LemalOlivier TournilhacLouis TerriouDavid LaunayLaurence BouilletCatharina ChatainGandhi DamajThomas BallulCeline GrecoLaura PolivkaLaurent FrenzelCécile MeniHassiba BouktitDina BenabouCaroline Gaudy-MarquesteMarie GousseffEdwige Le MouelAntoine NéelDana RantaRoland JaussaudThierry Jo MolinaJulie BruneauPatrick VillareseLudovic LhermitteLeila Maouche-ChrétienMarie TempleOlivier KosmiderRose‐marie JavierFabien PelletierFlorence CastelainFrederique RetornazQuentin CabreraPatricia ZunicMarie Pierre GourinJean François ViallardChristian LavigneCyrille HoarauIsabelle DurieuSophie Dimicoli-SalazarJosé Miguel Torregrosa-DiazMathieu WemeauAngèle SoriaMichel ArockChristine BodemerOlivier LortholaryOlivier HermineJulien Rossignol
• Organismes : Université Claude Bernard Lyon 1 Hospices Civils de Lyon Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Immuno-Biologie des Lymphomes [CIRI] CHU Amiens-Picardie Hôpital Saint Eloi [CHU Montpellier] Université de Montpellier Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse Sorbonne Université CHU Saint-Antoine [AP-HP] Centre for Research in Epidemiology and Statistics | Centre de Recherche Épidémiologie et Statistiques CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille Aix Marseille Université Bordeaux population health Université Clermont Auvergne Role of intra-Clonal Heterogeneity and Leukemic environment in ThErapy Resistance of chronic leukemias CHU Clermont-Ferrand CHU Estaing [Clermont-Ferrand] Role of intra-Clonal Heterogeneity and Leukemic environment in ThErapy Resistance of chronic leukemias Centre d'Investigation Clinique [CHU Clermont-Ferrand] Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Centre de référence des maladies auto-immunes et auto-inflammatoires systémiques rares de l'adulte d'Île de France, Est et Ouest / Reference center for rare systemic autoimmune and autoinflammatory diseases in adults in Île-de-France, East and West Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Université Grenoble Alpes - UFR Médecine Translational Research in Autoimmunity and Inflammation Group Translational Innovation in Medicine and Complexity / Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité - UMR 5525 CHU Caen Normandie – Centre Hospitalier Universitaire de Caen Normandie Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Plateforme IPS = Imagine Institute iPSC core facility Centre de référence des mastocytoses Centre de référence des mastocytoses Centre de référence des mastocytoses Centre de référence des mastocytoses Aix-Marseille Université - École de médecine Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou] Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital Service d'Hématologie [CHRU Nancy] Internal Medicine and Clinical Immunology, Vandoeuvre-lès-Nancy, France Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) Département de Pathologie [CHU Necker] Service d'hématologie-oncologie adultes Service d'hématologie-oncologie adultes Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) Institut Cochin Service d'hématologie-oncologie adultes Institut Cochin Service d'hématologie-oncologie adultes Centre Hospitalier Universitaire [Strasbourg] Centre de référence des mastocytoses de Marseille Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) Hôpital Européen [Fondation Ambroise Paré - Marseille] CHU Sud Saint Pierre [Ile de la Réunion] CHU Sud Saint Pierre [Ile de la Réunion] Hôpital Dupuytren [CHU Limoges] Centre hospitalier universitaire de Poitiers = Poitiers University Hospital Centre Hospitalier Universitaire d'Angers CHU Trousseau [Tours] Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] Université Claude Bernard Lyon 1 Research on Healthcare Performance CHU de Bordeaux Pellegrin [Bordeaux] Centre hospitalier universitaire de Poitiers = Poitiers University Hospital Centre Hospitalier de Roubaix CHU Tenon [AP-HP] CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] Centre de référence national des Maladies Génétiques à Expression Cutanée - National Reference Center for Genodermatoses and Rare Skin Diseases Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Centre de référence des mastocytoses Centre de référence des mastocytoses Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU)
• Publié dans American Journal of Hematology le 26/10/2020

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Résumé : Abstract Advanced systemic mastocytosis (AdvSM) encompasses heterogeneous mastocytosis subtypes and is associated with poor outcomes. Although midostaurin was the first tyrosine kinase inhibitor to be approved for AdvSM patients, long‐lasting responses are limited. The mutation‐Adjusted Risk Score (MARS), the International Prognostic Scoring System for mastocytosis (IPSM) and the Global Prognostic Score for Systemic Mastocytosis (GPSM) have been established to characterize the outcomes of patients with overall AdvSM. However, given the outcome's dependency on the AdvSM subtype, prognostic characterization within each subtype is critical. We aimed to study the predictive ability using Harrell's concordance index of prognostic scores according to the AdvSM subtype. We conducted a nationwide retrospective study using the French mastocytosis reference center's registry and included all midostaurin‐treated patients with C finding. Overall, 170 patients were identified: 46 aggressive SM (ASM), 11 mast cell leukemia (MCL), and 113 SM with associated hematological neoplasm (SM‐AHN). All risk scores improved their discriminative value for overall survival (OS) when combined with the AdvSM subtype. The best predictive value was for adjusted MARS (C‐index = 0.689), followed by GPSM (C‐index = 0.677) and IPSM (C‐index = 0.618). In a multivariable analysis, MARS stratification and the AdvSM subtype were both prognostic for OS. Accordingly, five subgroups of patients with AdvSM and a different median OS were identified: 9.9 months for MCL, 24 months for intermediate/high‐risk SM‐AHN, 33 months for intermediate/high‐risk ASM, 58 months for low‐risk SM‐AHN and was not reached for low‐risk ASM ( p < 0.001). The AdvSM subtype and the MARS are the most predictive of OS and should prompt specific management.

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Fichiers liés : American J Hematol - 2024 - Heiblig - Comparison of prognostic scores according to WHO classification in 170 patients with.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 16/09/2024
• Auteurs : Grégoire GessainAhmed-Amine AnzaliMarvin LerousseauKevin MulderMathilde BiedAnne AuperinDaniel StockholmNicolas SignolleFarah SassiMaria Eugénia Marques da CostaAntonin MarchaisAlexandre SayadiDaniela WeidnerStefan UderhardtQuentin BlampeySumanth Reddy NakkireddySophie BroutinCharles-Antoine DutertrePierre BussonThomas WalterAlix MarhicAntoine Moya-PlanaJohanne GuerlainIngrid BreuskinOdile CasiraghiPhilippe GorpheMarion ClasseJean-Yves ScoazecCamille BleriotFlorent Ginhoux
• Organismes : Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers Plateforme de Bioinformatique [Gustave Roussy] Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers Plateforme de Bioinformatique [Gustave Roussy] Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse Centre de Bioinformatique Institut Curie [Paris] Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse Plateforme de Bioinformatique [Gustave Roussy] Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse Plateforme de Bioinformatique [Gustave Roussy] Service de biostatistique et d'épidémiologie Oncostat Institut Gustave Roussy École Pratique des Hautes Études Centre de Recherche Saint-Antoine Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse Centre de Recherche Saint-Antoine Institut Gustave Roussy Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse Plateforme de Bioinformatique [Gustave Roussy] Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers Département de cancérologie de l'enfant et de l'adolescent [Gustave Roussy] Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers Département de cancérologie de l'enfant et de l'adolescent [Gustave Roussy] GHU AP-HP Centre Université Paris Cité Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg = University of Erlangen-Nuremberg Universitätsklinikum Erlangen [Erlangen] Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg = University of Erlangen-Nuremberg Universitätsklinikum Erlangen [Erlangen] Mathématiques et Informatique pour la Complexité et les Systèmes CentraleSupélec Université Paris-Saclay Institut Gustave Roussy Mayo Clinic [Jacksonville] Radiothérapie Moléculaire et Innovation Thérapeutique Institut Gustave Roussy Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse Plateforme de Bioinformatique [Gustave Roussy] Aspects métaboliques et systémiques de l'oncogénèse pour de nouvelles approches thérapeutiques Institut Gustave Roussy Centre de Bioinformatique Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe Aspects métaboliques et systémiques de l'oncogénèse pour de nouvelles approches thérapeutiques Institut Curie [Paris] Département de cancérologie cervico-faciale [Gustave Roussy] Département de cancérologie cervico-faciale [Gustave Roussy] Département de cancérologie cervico-faciale [Gustave Roussy] Département de cancérologie cervico-faciale [Gustave Roussy] Institut Gustave Roussy Université Paris-Saclay Département de cancérologie cervico-faciale [Gustave Roussy] Université Paris-Saclay Institut Gustave Roussy SANOFI Recherche Institut Gustave Roussy Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse Prédicteurs moléculaires et nouvelles cibles en oncologie Université Paris-Saclay Institut Necker Enfants-Malades Immunité et métabolisme dans le diabète = IMmunity and MEtabolism in DIABetes [CRC] Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers Institut Gustave Roussy Aspects métaboliques et systémiques de l'oncogénèse pour de nouvelles approches thérapeutiques Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers Université Paris-Saclay Shanghai Institute of Immunology Shanghai Jiao Tong University School of Medicine Singapore Immunology Network SingHealth Polyclinics Duke-NUS Medical School [Singapore]
• Publié dans Cancer Discovery le 03/10/2017

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Résumé : Patients with head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) often have poor outcomes due to suboptimal risk management and treatment strategies; yet integrating novel prognostic biomarkers into clinical practice is challenging. Here, we report the presence of multinucleated giant cells (MGC)—a type of macrophages—in tumors from patients with HNSCC, which are associated with a favorable prognosis in treatment-naive and preoperative chemotherapy–treated patients. Importantly, MGC density increased in tumors following preoperative therapy, suggesting a role of these cells in the antitumoral response. To enable clinical translation of MGC density as a prognostic marker, we developed a deep-learning model to automate its quantification on routinely stained pathological whole slide images. Finally, we used spatial transcriptomic and proteomic approaches to describe the MGC-related tumor microenvironment and observed an increase in central memory CD4 T cells. We defined an MGC-specific signature resembling to TREM2- expressing mononuclear tumor-associated macrophages, which colocalized in keratin tumor niches.

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Fichiers liés : cd-24-0018.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 16/09/2024
• Auteurs : Edwin ClatworthyRémy Guillet-NicolasPhilippe BoullayMichael BadawiY. FoucaudEddy DibNicolas BarrierArnold PaecklarMaxime DebostSajjad GhojavandJean-Pierre GilsonIzabel Medeiros-CostaSvetlana Mintova
• Organismes : Laboratoire catalyse et spectrochimie Laboratoire catalyse et spectrochimie Laboratoire de cristallographie et sciences des matériaux Laboratoire Lorrain de Chimie Moléculaire Modélisation Mésoscopique et Chimie Théorique Laboratoire catalyse et spectrochimie Laboratoire de cristallographie et sciences des matériaux Laboratoire de cristallographie et sciences des matériaux Laboratoire catalyse et spectrochimie Laboratoire catalyse et spectrochimie Laboratoire de cristallographie et sciences des matériaux Laboratoire catalyse et spectrochimie Laboratoire catalyse et spectrochimie TotalEnergies Laboratoire catalyse et spectrochimie
• Publié dans ACS Materials Letters le 07/11/2019

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Résumé : The synthesis of ultra-thin BPH zeolite nanosheets from an aluminosilicate colloidal suspension using exclusively inorganic structure directing agents under mild conditions is reported. The improved synthesis yields nanosheets of 4-7 nm and a Si/Al ratio of 1.5; combined 3D electron diffraction and DFT calculations reveal the spatial distribution of extra-framework cations throughout the microporous structure. The ultra-thin BPH nanosheets exhibit high and regular inter-sheet mesoporosity, and substantially improved thermal stability. The notable mesoporosity bestows exceptional water adsorption behavior typically unseen for zeolites; the as-prepared material consists of up to 49% adsorbed H2O by weight, and adsorbs up to 32 wt% H2O at 90% relative humidity. 2 H MAS NMR spectroscopy identifies different types of O 2 H environments ascribed to silanol species exhibiting two motion behaviors. H2O sorption analysis demonstrates reproducible behavior over multiple cycles and low temperature regeneration, making the ultra-thin BPH nanosheets attractive candidates for gas drying and membrane applications.

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 12/09/2024
• Auteurs : Yu FengPhilippe CiaisWigneron J.-P.Yidi XuAlan D ZieglerDave van WeesArthur Nicolaus FendrichDominick SpracklenStephen SitchMartin BrandtWei LiSassan S SaatchiXiaojun LiJie WuZhenzhong Zeng
• Organismes : Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] Ningbo Institute of Technology Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] Interactions Sol Plante Atmosphère Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] Maejo University, Chiang Mai, Thailand Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] Contrôles des cycles biogéochimiques terrestres University of Leeds University of Exeter IT University of Copenhagen Tsinghua University [Beijing] Southwest University [Chongqing] Interactions Sol Plante Atmosphère Ningbo Institute of Technology Ningbo Institute of Technology
• Publié dans Nature Climate Change le 30/10/2020

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Résumé : Tropical terrestrial ecosystems play an important role in modulating the global carbon balance. However, the complex dynamics and factors controlling tropical aboveground live biomass carbon (AGC) are not fully understood. Here, using remotely sensed observations, we find a moderate net AGC sink of 0.21 +/- 0.06 PgC yr(-1) throughout the global tropics from 2010 to 2020. This arises from a gross loss of -1.79 PgC yr(-1) offset by a marked gain of 2.01 +/- 0.06 PgC yr(-1). Fire emissions in non-forested African shrubland/savanna biomes, coupled with post-fire carbon recovery, substantially dominated the interannual variability of tropical AGC. Fire radiative power was identified as the primary determinant of the spatial variability in AGC gains, with soil moisture also playing a crucial role in shaping trends. We highlight the dominant roles of anthropogenic and hydroclimatic determinants in orchestrating tropical land carbon dynamics and advocate for land management to conserve indispensable ecosystem services worldwide.

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 12/09/2024
• Auteurs : Laurène MansyAgnès CailleMartine Reynaud-GaubertJulien BermudezPhilippe BonniaudRaphaël BoriePierre Yves BrilletJacques CadranelIsabelle Court FortuneBruno CrestaniMarie-Pierre DebrayMathilde DuprezAnne GuillaumotSandrine Hirschi-SantelmoDominique Israël-BietStéphane JouneauKarine JuvinMallorie KerjouanJulie MankikianCharles-Hugo MarquetteJean‐marc NaccacheHilario NunesLaurent PlantierGregoire PrevotSébastien QuetantJulie TracletVictor ValentinYurdagül UzunhanLidwine Wémeau-StervinouVincent CottinSylvain Marchand-Adam
• Organismes : Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours Centre d’Investigation Clinique [Tours] CIC 1415 Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours methodS in Patients-centered outcomes and HEalth ResEarch Centre d’Investigation Clinique [Tours] CIC 1415 Aix Marseille Université Aix Marseille Université Physiopathologie des Dyslipidémies (CTM UMR 1231) AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris] Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) Physiopathologie et Epidémiologie des Maladies Respiratoires Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) Hôpital Avicenne [AP-HP] Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) INSERM U64 [AP-HP Hôpital Tenon] Université Jean Monnet - Saint-Étienne Biologie Intégrative du Tissu Osseux AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris] Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) Physiopathologie et Epidémiologie des Maladies Respiratoires AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris] Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) Physiopathologie et Epidémiologie des Maladies Respiratoires Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon Centre Hospitalier Universitaire de Nancy Hôpitaux Universitaires de Strasbourg Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou] Institut de recherche en santé, environnement et travail Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou] Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours Centre Hospitalier Universitaire de Nice Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) INSERM U64 [AP-HP Hôpital Tenon] Groupe Hospitalier Paris Saint-Joseph Hôpital Avicenne [AP-HP] Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires [Tours] Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse Centre Hospitalier Universitaire [CHU Grenoble] Hospices Civils de Lyon Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL] Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Hôpital Avicenne [AP-HP] Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Hospices Civils de Lyon Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL] Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires [Tours]
• Publié dans European Respiratory Journal le 23/10/2020

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