Philippe JEAN-PIERRE

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 19/10/2009
• Auteurs : Cyrielle RoqueletJean‐sébastien LauretValérie Alain-RizzoChristophe VoisinRomain FleurierDamien GarrotA LoiseauJacques A. DelairePhilippe RoussignolEmmanuelle Deleporte
• Organismes : Laboratoire de Photonique Quantique et Moléculaire Laboratoire de Photonique Quantique et Moléculaire Laboratoire de Photophysique et Photochimie Supramoléculaires et Macromoléculaires Laboratoire Pierre Aigrain Laboratoire d'étude des microstructures [Châtillon] Laboratoire de Photonique Quantique et Moléculaire Laboratoire d'étude des microstructures [Châtillon] Laboratoire de Photophysique et Photochimie Supramoléculaires et Macromoléculaires Laboratoire Pierre Aigrain Laboratoire de Photonique Quantique et Moléculaire

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 15/10/2009
• Auteurs : Sigrid Le ClercSophie LimouCédric CoulongesWassila CarpentierChristian DinaLieng TaingOlivier DelaneauTaoufik LabibRob SladekChristiane DeveauHélène GuillemainRojo RatsimandresyMatthieu MontesJean-Louis SpadoniAmu TherwathFrançois SchächterFumihiko MatsudaIvo GutJean-Daniel LelièvreYves LévyPhillippe FroguelJean-François DelfraissySerge HercbergJean-François Zagury
• Organismes : Institut Mondor de Recherche Biomédicale Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales Chaire de Bioinformatique Centre National de Génotypage Institut de Génomique d'Evry Institut Mondor de Recherche Biomédicale Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales Chaire de Bioinformatique Chaire de Bioinformatique Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière Institut Pasteur de Lille Institut de biologie de Lille - UMS 3702 Chaire de Bioinformatique Chaire de Bioinformatique Chaire de Bioinformatique Institut Mondor de Recherche Biomédicale McGill University = Université McGill [Montréal, Canada] Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales Chaire de Bioinformatique Chaire de Bioinformatique Chaire de Bioinformatique Chaire de Bioinformatique Chaire de Bioinformatique Etudes génomiques trans-ethniques des maladies multifactorielles Centre National de Génotypage Institut de Génomique d'Evry Institut Mondor de Recherche Biomédicale Institut Mondor de Recherche Biomédicale Institut Pasteur de Lille Institut de biologie de Lille - UMS 3702 Imperial College London Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales Unité de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Ile-de-France UFR Santé, Médecine et Biologie Humaine Chaire de Bioinformatique Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales Institut Mondor de Recherche Biomédicale
• Publié dans Journal of Infectious Diseases le 27/10/2020

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Résumé : BackgroundPrevious genomewide association studies (GWASs) of AIDS have targeted end points based on the control of viral load and disease nonprogression. The discovery of genetic factors that predispose individuals to rapid progression to AIDS should also reveal new insights into the molecular etiology of the pathology MethodsWe undertook a case-control GWAS of a unique cohort of 85 human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)–infected patients who experienced rapid disease progression, using Illumina HumanHap300 BeadChips. The case group was compared with a control group of 1352 individuals for the 291,119 autosomal single-nucleotide polymorphisms (SNPs) passing the quality control tests, using the false-discovery rate (FDR) statistical method for multitest correction ResultsNovel associations with rapid progression (FDR, ⩽25%) were identified for PRMT6 (P=6.1×10-7; odds ratio [OR], 0.24), SOX5 (P=1.8×10-6; OR, 0.45), RXRG (P=3.9×10-6; OR, 3.29), and TGFBRAP1 (P=7×10-6; OR, 0.34). The haplotype analysis identified exonic and promoter SNPs potentially important for PRMT6 and TGFBRAP1 function ConclusionsThe statistical and biological relevance of these associations and their high ORs underscore the power of extreme phenotypes for GWASs, even with a modest sample size. These genetic results emphasize the role of the transforming growth factor β pathway in the pathogenesis of HIV-1 disease. Finally, the wealth of information provided by this study should help unravel new diagnostic and therapeutic targets

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 13/10/2009
• Auteurs : Philippe MarmottantAbbas MgharbelJos KäferBenjamin AudrenJ.-P. RieuJean-Claude VialBoudewijn van Der SandenAthanasius F M MaréeGraner FrançoisHélène Delanoë-Ayari
• Organismes : Laboratoire de Spectrométrie Physique Laboratoire de Physique de la Matière Condensée et Nanostructures Laboratoire de Spectrométrie Physique Laboratoire de Physique de la Matière Condensée et Nanostructures Laboratoire de Physique de la Matière Condensée et Nanostructures Laboratoire de Spectrométrie Physique INSERM U836, équipe 6, Rayonnement synchrotron et recherche médicale; ANTE-INSERM U836, équipe 7, Nanomédecine et cerveau Theoretical Biology/Bioinformatics Laboratoire de Spectrométrie Physique Génétique du Développement et Cancer Laboratoire de Physique de la Matière Condensée et Nanostructures
• Publié dans Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America le 31/10/2020

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Résumé : Cell aggregates are a tool for in vitro studies of morphogenesis, cancer invasion, and tissue engineering. They respond to mechanical forces as a complex rather than simple liquid. To change an aggregate's shape, cells have to overcome energy barriers. If cell shape fluctuations are active enough, the aggregate spontaneously relaxes stresses ("fluctuation-induced flow"). If not, changing the aggregate's shape requires a sufficiently large applied stress ("stress-induced flow"). To capture this distinction, we develop a mechanical model of aggregates based on their cellular structure. At stress lower than a characteristic stress tau*, the aggregate as a whole flows with an apparent viscosity eta*, and at higher stress it is a shear-thinning fluid. An increasing cell-cell tension results in a higher eta* (and thus a slower stress relaxation time t(c)). Our constitutive equation fits experiments of aggregate shape relaxation after compression or decompression in which irreversibility can be measured; we find t(c) of the order of 5 h for F9 cell lines. Predictions also match numerical simulations of cell geometry and fluctuations. We discuss the deviations from liquid behavior, the possible overestimation of surface tension in parallel-plate compression measurements, and the role of measurement duration.

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Fichiers liés : marmottant_aggregates.pdf

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• Type de publi. : Thèse
• Date de publi. : 09/10/2009
• Auteurs : Jean-Philippe Cointet
• Organismes : Centre de Recherche en Epistémologie Appliquée Transformations Sociales et Politiques liées aux Vivants Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France

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Résumé : Les communautés de savoirs en tant qu'espaces hybrides, mettent en jeu, d'une part, des individus qui interagissent au sein d'un réseau social et qui produisent des contenus localement, et d'autre part, des entités sémantiques, liées au sein d'un réseau sémantique doté d'une structure autonome. Cette thèse vise à explorer les dynamiques sociales et sémantiques qui animent ces communautés de savoirs, ainsi que leur couplage structurel. Elle s'appuie essentiellement sur deux types d'objets empiriques : les communautés scientifiques et les blogosphères politiques, dont nous suivons l'activité grâce à l'observation in-vivo de leurs traces digitales. Notre ambition est de réaliser une reconstruction phénoménologique réaliste des dynamiques sociosémantiques de ces communautés de savoirs. Pour ce faire, nous distinguons entre les dynamiques liées à la morphogenèse puis à la phylogenèse des réseaux qui composent ces systèmes et les processus dynamiques de diffusion qu'ils supportent. Les méthodes de caractérisation de la morphogenèse des communautés de savoirs permettent, d'une part, de repérer et représenter les structures et propriétés émergentes de ces communautés de savoirs, et d'autre part, de mettre en évidence les comportements individuels réguliers qui les animent. La phylogenèse des communautés de savoirs consiste en la reconstruction des dynamiques de ces structures de haut-niveau émergeant au cours de la morphogenèse. L'analyse des processus de diffusion nous amène à interroger les déterminants structurels micro et macro qui conditionnent la circulation d'information dans ces communautés. L'ensemble de ces approches nous permettent de décrire les communautés de savoirs comme des systèmes dont les dimensions sociale et sémantique sont, par essence, en co-évolution.

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Fichiers liés : These.pdf

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 07/10/2009
• Auteurs : Philippe AndreyDaria AndreoliBernadette BanrezesEugénie CanonThierry Sainte-BeuveJean-Pierre Ozil
• Organismes : Neurobiologie de l'Olfaction et de la Prise Alimentaire Neurobiologie de l'Olfaction et de la Prise Alimentaire Biologie du développement et reproduction Biologie du développement et reproduction Biologie du développement et reproduction Biologie du développement et reproduction

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 07/10/2009
• Auteurs : Bernadette BanrezesEugénie CanonThierry Sainte-BeuvePhilippe AndreyJ. CancelaJean-Pierre Ozil
• Organismes : Biologie du développement et reproduction Biologie du développement et reproduction Biologie du développement et reproduction Neurobiologie de l'Olfaction et de la Prise Alimentaire Centre National de la Recherche Scientifique Biologie du développement et reproduction

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 06/10/2009
• Auteurs : Jean-François GérardPhilippe CassagnauJean-Pierre Pascault
• Organismes : Ingénierie des Matériaux Polymères - Laboratoire des Matériaux Macromoléculaires Ingénierie des Matériaux Polymères - Laboratoire des Matériaux Polymères et des Biomatériaux Ingénierie des Matériaux Polymères - Laboratoire des Matériaux Macromoléculaires

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 03/10/2009
• Auteurs : Zsolt JankoJean-Philippe Pons
• Organismes : Interpretation and Modelling of Images and Videos imagine [Marne-la-Vallée] Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge imagine [Marne-la-Vallée] Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge

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Résumé : In this paper, we propose a method for creating a high-quality spatio-temporal texture atlas from a dynamic 3-D model and a set of calibrated video sequences. By adopting an actual spatio-temporal perspective, beyond independent frame-by-frame computations, we fully exploit the very high redundancy in the input video sequences. First, we drastically cut down on the amount of texture data, and thereby we greatly enhance the portability and the rendering efficiency of the model. Second, we gather the numerous different viewpoint/time appearances of the scene, so as to recover from low resolution, grazing views, highlights, shadows and occlusions which affect some regions of the spatio-temporal model. Altogether, our method allows the synthesis of novel views from a small quantity of texture data, with an optimal visual quality throughout the sequence, with minimally visible color discontinuities, and without flickering artifacts. These properties are demonstrated on real datasets.

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Fichiers liés : Janko2009.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/10/2009
• Auteurs : Mathias BruyandRodolphe ThiébautSylvie Lawson-AyayiPierre JolyAnnie-Jeanne SascoPatrick MerciéJean Luc PellegrinDidier NeauFrançois DabisPhilippe MorlatGeneviève ChêneFabrice Bonnet
• Organismes : Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Coordination Régionale de la lutte contre l'infection due au VIH Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Coordination Régionale de la lutte contre l'infection due au VIH Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Coordination Régionale de la lutte contre l'infection due au VIH Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Coordination Régionale de la lutte contre l'infection due au VIH Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux] Coordination Régionale de la lutte contre l'infection due au VIH Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux] Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Coordination Régionale de la lutte contre l'infection due au VIH Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux] Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Coordination Régionale de la lutte contre l'infection due au VIH Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Coordination Régionale de la lutte contre l'infection due au VIH Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux] Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Coordination Régionale de la lutte contre l'infection due au VIH Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux] Coordination Régionale de la lutte contre l'infection due au VIH Service de médecine interne et maladies infectieuses [Bordeaux]
• Publié dans Clinical Infectious Diseases le 30/10/2020

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Résumé : BACKGROUND: Human immunodeficiency virus (HIV)-infected patients are at higher risk of malignancies. In addition to traditional determinants, a specific deleterious effect of HIV and immunodeficiency is speculated. We aimed at studying the association between immunological and virological characteristics of HIV-infected patients in care and the risk of acquired immunodeficiency syndrome (AIDS)-defining and non-AIDS-defining malignancies. METHODS: Patients consecutively enrolled in the hospital-based Agence Nationale de Recherche sur le Sida (ANRS) CO3 Aquitaine Cohort were included if the duration of follow-up was >3 months during the period 1998-2006. Multivariate modeling used an extended Cox proportional hazards model for time-dependent covariates and delayed entry. RESULTS: The 4194 patients included in the study developed 251 first malignancies during 22,389 person-years. A higher incidence of AIDS-defining malignancies (107 cases) was independently associated with (1) both longer and current exposures to a plasma HIV RNA level >500 copies/mL (hazard ratio [HR], 1.27 per year [P<.001] and 3.30 [P<.001], respectively) and (2) both longer and current exposure to a CD4(+) cell count <200 cells/mm(3) (HR, 1.36 per year [P<.001] and 6.33 [P<.001], respectively). A higher incidence of non-AIDS-defining malignancies (144 cases) was independently associated with longer and current exposure to a CD4(+) cell count <500 cells/mm(3) (HR, 1.13 per year [P=.01] and 2.07 [P<.001], respectively) and male sex (HR, 1.69; P=.02) but not with plasma HIV RNA level (P=.49 and P=.10 for cumulative and current exposures, respectively). CONCLUSIONS: Uncontrolled plasma HIV RNA level was independently associated with a higher likelihood of developing AIDS-defining malignancies, whereas immunosuppression was associated with a higher risk of developing any type of malignancies. Antiretroviral treatment should aim at reaching and maintaining a CD4(+) count >500 cells/mm(3) to prevent the occurrence of malignancy, this should be integrated to malignancy-prevention policies.

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Fichiers liés : inserm-00391182_edited.pdf revised_manuscript.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/10/2009
• Auteurs : Philippe ReiffsteckJean Pierre MagnanAbdeldjalil ZadjaouiAbdelmalek Bekkouche
• Organismes : Division Mécanique des Sols des Roches et de la Géologie de l'Ingénieur Direction technique "Géotechnique" Laboratoire Eau et Ouvrages dans Leurs Environnements Laboratoire Eau et Ouvrages dans Leurs Environnements
• Publié dans European Journal of Environmental and Civil Engineering le 29/10/2020

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Résumé : Cet article présente une étude en laboratoire de l'infiltration dans une colonne du sol initialement non saturé. Considérant certaines hypothèses simplificatrices, le phénomène du transfert hydrique est ramené physiquement à un processus décrit par une équation aux dérivées partielles type parabolique détaillée dans un premier temps. Dans un second temps l'article décrit le matériau utilisé dans cette étude. Il donne une description de montage utilisé pour suivre l'infiltration. Les courbes d'infiltration cumulée sont analysées en détail. Les auteurs montrent comment la conductivité hydraulique peut être déduite de ces mesures. L'application aux résultats du modèle de Philip montre une bonne concordance avec les mesures. Enfin, les conditions d'application et les interprétations sont détaillées.

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