Philippe JEAN-PIERRE

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 20/03/2024
• Auteurs : Nicolas BacletEmmanuel ForestierGaëtan GavazziClaire Roubaud BaudronVincent HiernardRozenn Hequette-RuzSerge AlfandariHugues AumaîtreElisabeth Botelho-NeversPauline Caraux-PazAlexandre CharmillonSylvain DiamantisT. FraissePierre GazeauMaxime HentzienJ.P. LanoixMarc PaccalinAlain PutotYvon RuchEric SennevilleJean-Baptiste Beuscart
• Organismes : Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Groupement des Hôpitaux de l'Institut Catholique de Lille Université catholique de Lille Université de Lille Centre Hospitalier Métropole Savoie [Chambéry] Centre Hospitalier Universitaire [CHU Grenoble] Groupe de Recherche et d’Étude du Processus Inflammatoire Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux BoRdeaux Institute of onCology Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Université de Lille Centre Hospitalier de Roubaix Centre Hospitalier Gustave Dron [Tourcoing] Centre Hospitalier Saint Jean de Perpignan Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes Centre Hospitalier Intercommunal Villeneuve-Saint-Georges Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy] Service de maladies infectieuses [CH Melun] Dynamic Microbiology - EA 7380 Centre Hospitalier Alès-Cévennes Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest Vieillissement, Fragilité Hôpital universitaire Robert Debré [Reims] Maladies infectieuses et tropicales [CHU Amiens] Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 Centre hospitalier universitaire de Poitiers = Poitiers University Hospital CIC Poitiers – Centre d'investigation clinique de Poitiers (CIC 1402) Hôpitaux du Pays du Mont-Blanc Centre Hospitalier Universitaire [Strasbourg] Centre Hospitalier Gustave Dron [Tourcoing] Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Université de Lille
• Publié dans Antibiotics le 24/10/2020

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Résumé : Background: In geriatrics, explicit criteria for potentially inappropriate prescriptions (PIPs) are useful for optimizing drug use. Objective: To produce an expert consensus on explicit definitions of antibiotic-PIPs for hospitalized older patients. Methods: We conducted a Delphi survey involving French experts on antibiotic stewardship in hospital settings. During the survey’s rounds, the experts gave their opinion on each explicit definition, and could suggest new definitions. Definitions with a 1-to-9 Likert score of between 7 and 9 from at least 75% of the participants were adopted. The results were discussed during consensus meetings after each round. Results: Of the 155 invited experts, 128 (82.6%) participated in the whole survey: 59 (46%) infectious diseases specialists, 45 (35%) geriatricians, and 24 (19%) other specialists. In Round 1, 65 explicit definitions were adopted and 21 new definitions were suggested. In Round 2, 35 other explicit definitions were adopted. The results were validated during consensus meetings (with 44 participants after Round 1, and 54 after Round 2). Conclusions: The present study is the first to have provided a list of explicit definitions of potentially inappropriate antibiotic prescriptions for hospitalized older patients. It might help to disseminate key messages to prescribers and reduce inappropriate prescriptions of antibiotics.

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Fichiers liés : antibiotics-13-00283-v2.pdf

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 19/03/2024
• Auteurs : Cassandra ParentBenoit MauvieuxElodie LespagnolCorentin HingrandJean‐charles VauthierPhilippe NoirezRémy HurdielQuentin MartinetPierre Louis DelaunayStéphane BesnardVirginie GabelPauline BaronFrançois-Xavier GamelinPatrice MaboudouRémi Rabasa-LhoretRomain JouffroyElsa Heyman
• Organismes : Université de Lille Unité de Recherche Pluridisciplinaire Sport, Santé, Société (URePSSS) - ULR 7369 - ULR 4488 Mobilités : Vieillissement, Pathologie, Santé Université de Lille Unité de Recherche Pluridisciplinaire Sport, Santé, Société (URePSSS) - ULR 7369 - ULR 4488 Vertige Extrême Département de médecine générale [Univ. Lorraine] Laboratoire de psychologie de l'interaction et des relations intersubjectives Performance, Santé, Métrologie, Société - EA 7507 Unité de Recherche Pluridisciplinaire Sport, Santé, Société (URePSSS) - ULR 7369 - ULR 4488 Université du Littoral Côte d'Opale Performance, Santé, Métrologie, Société - EA 7507 Mobilités : Vieillissement, Pathologie, Santé Mobilités : Vieillissement, Pathologie, Santé Unité de Recherche Pluridisciplinaire Sport, Santé, Société (URePSSS) - ULR 7369 - ULR 4488 Université du Littoral Côte d'Opale Unité de Recherche Pluridisciplinaire Sport, Santé, Société (URePSSS) - ULR 7369 - ULR 4488 Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Institut de Recherches Cliniques de Montréal Institut de recherche biomédicale et d’épidémiologie du sport Unité de Recherche Pluridisciplinaire Sport, Santé, Société (URePSSS) - ULR 7369 - ULR 4488 Activité Physique, Muscle, Santé - URePSSSS Institut universitaire de France

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Résumé : Contexte Les courses d'ultra-trail posent des défis physiologiques, notamment pour le métabolisme glucidique. Les résultats à ce sujet dans la littérature sont divergents, avec des glycémies mesurées uniquement à des moments isolés. L’objectif était d’explorer l'impact d'une course d'ultra-endurance sur la glycémie mesurée en continu et de comprendre certains mécanismes physiologiques ainsi que les conséquences sur la performance et la vigilance. Méthodes Cinquante-cinq athlètes ont participé à un ultra-trail de 156km (six tours de 26km, dénivelé positif +6000m). Ils ont porté un capteur de glucose en continu en mode masqué de la veille de la course jusqu'à 10jours post-course. Des prélèvements sanguins ont été effectués au repos, à la fin de chaque tour et après 24h de récupération. L'intensité de la course (fréquence cardiaque), la performance (temps au tour), le stress psychologique et la vigilance ont été étudiés. Des modèles mixtes linéaires et des régressions logistiques ont été réalisés. Résultats Les sections les plus intenses de la course exposaient les coureurs à un risque de passer du temps >180mg/dL accru (P=0,021). Durant les premières 48h post-course, la probabilité de passer du temps >140 et >180mg/dL était plus élevée qu’au repos et que pendant la course (P<0,05). L'insuline, le cortisol, les acides gras libres suivaient des profils d’évolution comparables à ceux observés lors d'exercices aérobies plus classiques. Cependant, la créatine phosphokinase et la lactate déshydrogénase augmentaient de façon exponentielle pendant la course (P<0,001) et restaient élevées 24h après la course (P<0,001). Les paramètres glycémiques n’influençaient pas les performances physiques ou la vigilance. Conclusion Les athlètes d'ultra-endurance sont exposés à un risque hyperglycémique lors des passages de course à forte intensité ainsi que pendant 48h post-course. L'hyperglycémie de récupération est probablement liée aux dommages musculaires. La recherche de stratégies de prévention de ces dommages pourrait limiter les conséquences néfastes supposées de l’hyperglycémie.

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• Type de publi. :
• Date de publi. : 18/03/2024
• Auteurs : Thomas ButtiensMaxime CulotThéo FrottierSalvatore TeresiAnouk GoossensFernando GallegoWilliams Savero TorresAurélie KandazoglouPaolo SgarroLaurent VilaM. BibesT MaroutianLouis HutinPierre NoéJean-Philippe Attané
• Organismes : SPINtronique et TEchnologie des Composants SPINtronique et TEchnologie des Composants SPINtronique et TEchnologie des Composants SPINtronique et TEchnologie des Composants Laboratoire Albert Fert (ex-UMPhy Unité mixte de physique CNRS/Thales) Laboratoire Albert Fert (ex-UMPhy Unité mixte de physique CNRS/Thales) SPINtronique et TEchnologie des Composants SPINtronique et TEchnologie des Composants SPINtronique et TEchnologie des Composants SPINtronique et TEchnologie des Composants Laboratoire Albert Fert (ex-UMPhy Unité mixte de physique CNRS/Thales) Centre de Nanosciences et de Nanotechnologies Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information SPINtronique et TEchnologie des Composants

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Fichiers liés : EMCOM_2024_résultats 2023.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 16/03/2024
• Auteurs : Michaël Luciano TantelySoa Fy AndriamandimbyMaminirina Fidelis AmbinintsoaManou Rominah RaharinirinaJean Théophile RafisandratantsoaJean-Pierre RavaloheryAina Nirina HarimananaNirina Nantenaina RanoelisonJudickaelle IrinantenainaMiamina Fidy AnkasitrahanaDany Bakoly RanoaritianaLaurence RandrianasoloRindra Vatosoa RandremananaVincent LacostePhilippe DussartRomain Girod
• Organismes : Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Ministère de la Santé Publique - Ministry of Public Health [Antananarivo, Madagascar] Ministère de la Santé Publique - Ministry of Public Health [Antananarivo, Madagascar] Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar Institut Pasteur de Madagascar
• Publié dans Pathogens le 26/10/2020

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Résumé : A Rift Valley fever (RVF) outbreak occurred in at least five regions of Madagascar in 2021. The aim of this study was to provide an overview of the richness, abundance, ecology, and trophic preferences of mosquitoes in the Mananjary district and to investigate the distribution of mosquitoes that were RT-PCR-positive for RVFV. Three localities were prospected from 26 April to 4 May 2021, using light traps, BG-Sentinel traps baited with an artificial human odor, Muirhead-Thomson pit traps, and indoor pyrethroid spray catches. A total of 2806 mosquitoes belonging to at least 26 species were collected. Of 512 monospecific pools of mosquitoes tested with real-time RT-PCR, RVFV was detected in 37 pools representing 10 mosquito species. The RVFV-positive species were as follows: Aedes albopictus, Ae. argenteopunctatus, Anopheles coustani, An. gambiae s.l., An. mascarensis, An. squamosus/cydippis, Culex antennatus, Cx. decens, Cx. Tritaeniorhynchus, and Uranotaenia spp. Of the 450 tested engorged females, 78.7% had taken a blood meal on humans, 92.9% on cattle, and 71.6% had taken mixed (human–cattle) blood meals. This investigation suggests the potential role of mosquitoes in RVFV transmission within this epizootic/epidemic context and that the human populations at the three study sites were highly exposed to mosquitoes. Therefore, the use of impregnated mosquito nets as an appropriate prevention method is recommended.

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Fichiers liés : pathogens-13-00258.pdf

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 15/03/2024
• Auteurs : Jean-Pierre ChevrotTristan DumasJean-Philippe MaguéLouise Tarrade
• Organismes : LInguistique et DIdactique des Langues Étrangères et Maternelles LInguistique et DIdactique des Langues Étrangères et Maternelles Institut Rhône-Alpin des systèmes complexes Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations

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Résumé : L’inférence démograpique est un ensemble de méthodes computationnelles permettant de déduire les attributs sociodémographiques (genre, niveau d’éducation, revenu, etc.) d’utilisateurs (d’Instagram, de téléphones portables), à partir des contenus (textes, images) et comportements qu’ils produisent en ligne et de données associées (localisation GPS, réseau de contacts). Les enjeux sont commerciaux, pour cibler publicités et offres, mais ils concernent aussi l’épidémiologie numérique, la prévention ou les sciences politiques (Abitbol et al., 2018; Abitbol & Karsai, 2020, 2020; Ciot et al., 2013; Lasri et al., 2023; Wang et al., 2019). Dans le champ sociolinguistique, la capacité d’inférer des informations à partir des usages du langage renvoie à la notion d’indexicalité. Les traits indexicaux sont les aspects d’une langue associés à des informations sociales (origine régionale, affiliation à un groupe), individuelles (émotion, état de santé) ou contextuelles (nature de la situation) (Foulkes, 2010). Même si la notion reste débattue du fait des conceptions simplistes qui pourraient en découler (Eckert, 2008), elle fournit une base conceptuelle et des outils pour mettre en perspective les travaux computationnels sur l’inférence démographique. Alors que les travaux du domaine computationnel testent l’efficacité des algorithmes ou utilisent leurs sorties à d’autres fins, nous allons comparer les décisions prises par des Modèles de langage fondés sur l’IA à propos du profil social d’utilisateurs de X (ex-Twitter) aux mêmes décisions prises par un échantillon de locuteurs. Dans la base SoSweet (www.ortolang.fr/market/corpora/sosweet) comptant 658 747 413 tweets produits par 2 878 562 utilisateurs, nous avons utilisé un sous-corpus de 4 974 utilisateurs dont le genre, l’âge, et le statut économique ont été estimés par observation directe des profils et par projection des coordonnées GPS sur une carte de France des revenus (INSEE). D’une part, ce sous-corpus a permis l’examen des relations entre traits langagiers (fréquence des émojis, des graphies non-standard…) et profils sociaux des utilisateurs. D’autre part il a servi de base pour entrainer un modèle de langage (CamemBERT, Martin et al., 2020) à identifier genre, revenu et âge des utilisateurs. Les décisions de ce Modèle de langage ainsi que celles d’autres modèles plus récents (Chat GPT, etc.) seront comparées aux jugements effectués sur le même matériel par environ 200 participants lors d’une enquête réalisée en ligne et utilisant plusieurs méthodes d’exploration des perceptions en sociolinguistique. Nous centrerons notre présentation sur les divergences et les convergences dans les décisions prises par les Modèles de langage et les échantillons de locuteurs. Nous nous demanderons si ces divergences et convergences dépendent des trois catégories testées (âge, revenu, genre), d’un usage particulier de la variété de français numérique (contenu lexical, présence d’émojis...) ou du profil des répondants à l’enquête (genre, niveau de diplôme, familiarité avec les médias sociaux). Notre objectif est d’améliorer notre connaissance globale du fonctionnement de l’indexicalité.

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 14/03/2024
• Auteurs : Pierre KalfonWissam El-HageMarie-Agnès GeantotConstance FavierLaëtitia Bodet-ContentinKhaldoun KuteifanPierre-Yves OlivierDidier ThéveninJulien PottecherJullien Crozon-ClauzelBénédicte MauchienArnaud GalboisRoland de VaraxSabine ValeraPhilippe EstagnasieAudrey BerricMartine NyungaNathalie RevelGeorges SimonBenjamin KowalskiAchille SossouThomas SignouretMarc LeoneCharles DelaléAurélien SeemannSigismond LasockiJean-Pierre QuenotAntoine MonselOlivier MichelMathieu PageRené-Gilles PatrigeonWalid NicolaArnaud ThilleGuillaume HékimianPascal AuquierKarine Baumstarck
• Organismes : Hôpital Louis Pasteur [Chartres] Centre d'études et de recherche sur les services de santé et la qualité de vie Hôpital Privé La Casamance [Marseille] Imaging, Brain & Neuropsychiatry Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours Service d'anesthésie - réanimation chirurgicale [CHU de Dijon] Centre d'études et de recherche sur les services de santé et la qualité de vie methodS in Patients-centered outcomes and HEalth ResEarch Centre d’Investigation Clinique [Tours] CIC 1415 Réseau CRICS-TRIGGERSEP [Clinical Research in Intensive Care and Sepsis - TRIal Group for Global Evaluation and Research in SEPsis – Labellisé F-CRIN (French Clinical Research Infrastructure Network)] Groupe hospitalier de la région de Mulhouse et Sud-Alsace Centre Hospitalier Universitaire d'Angers Centre Hospitalier de Lens Hôpital de Hautepierre [Strasbourg] Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL] Hôpital Louis Pasteur [Chartres] Centre Hospitalier Privé Claude Galien - Ramsay Santé Centre hospitalier Les Chanaux [Mâcon] Hôpital Nord [CHU - APHM] Clinique Ambroise Paré [Centres Médico-Chirurgicaux Ambroise Paré, Pierre Cherest, Hartmann] Centre Hospitalier Intercommunal Toulon-La Seyne sur Mer - Hôpital Sainte-Musse Hôpital Victor Provo [Roubaix] Hôpital Pasteur [Nice] Centre hospitalier de Troyes Centre Hospitalier de Douai [Douai, Nord] Centre Hospitalier Emile Roux [Le Puy-en-Velay] Hôpital Européen [Fondation Ambroise Paré - Marseille] Hôpital Nord [CHU - APHM] Centre Hospitalier Simone-Veil de Blois [Blois] Nouvelle Clinique de Tours Saint Gatien-Alliance [Tours] Centre Hospitalier Universitaire d'Angers CHU Dijon Groupe de Recherche Clinique en Anesthésie Réanimation médecine PEriopératoire Centre Hospitalier Jacques Coeur [Bourges] Clinique Convert [Bourg-en-Bresse] Centre hospitalier d'Auxerre Centre Hospitalier de l'Agglomération Montargoise [Amilly] Centre hospitalier universitaire de Poitiers = Poitiers University Hospital CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] Centre d'études et de recherche sur les services de santé et la qualité de vie Centre d'études et de recherche sur les services de santé et la qualité de vie
• Publié dans Critical Care le 31/10/2020

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Résumé : Abstract Background Posttraumatic stress disorder (PTSD) after a stay in the intensive care unit (ICU) can affect one in five ICU survivors. At the beginning of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, admission to the ICU for COVID-19 was stressful due to the severity of this disease. This study assessed whether admission to the ICU for COVID-19 was associated with a higher prevalence of PTSD compared with other causes of ICU admission after adjustment for pre-ICU psychological factors. Methods This prospective observational comparative cohort study included 31 ICUs. Eligible patients were adult ICU survivors hospitalized during the first wave of COVID-19 pandemic in France, regardless of the reason for admission. The prevalence of presumptive diagnosis of PTSD at 6 months was assessed using the PTSD Checklist for DSM-5 (PCL-5). Sociodemographics, clinical data, history of childhood trauma (Childhood Trauma Questionnaire [CTQ]), and exposure to potentially traumatic events (Life Events Checklist for DSM-5 [LEC-5]) were assessed. Results Of the 778 ICU survivors included during the first wave of COVID-19 pandemic in France, 417 and 361 were assigned to the COVID-19 and non-COVID-19 cohorts, respectively. Fourteen (4.9%) and 11 (4.9%), respectively, presented with presumptive diagnosis of PTSD at 6 months ( p = 0.976). After adjusting for age, sex, severity score at admission, use of invasive mechanical ventilation, ICU duration, CTQ and LEC-5, COVID-19 status was not associated with presumptive diagnosis of PTSD using the PCL-5. Only female sex was associated with presumptive diagnosis of PTSD. However, COVID-19 patients reported significantly more intrusion and avoidance symptoms than non-COVID patients (39% vs. 29%, p = 0.015 and 27% vs. 19%, p = 0.030), respectively. The median PCL-5 score was higher in the COVID-19 than non-COVID-19 cohort (9 [3, 20] vs. 4 [2, 16], p = 0.034). Conclusion Admission to the ICU for COVID-19 was not associated with a higher prevalence of PTSD compared with admission for another cause during the first wave of the COVID-19 pandemic in France. However, intrusion and avoidance symptoms were more frequent in COVID-19 patients than in non-COVID-19 patients. Trial Registration : Clinicaltrials.gov Identifier NCT03991611, registered on June 19, 2019.

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 14/03/2024
• Auteurs : Anne Santerre HenriksenKaty JeannotAntonio OliverJohn D PerryMathias W PletzStefania StefaniIan MorrisseyChristopher LongshawBirgit WillingerDavid LeysseneChristian CattoenCorentine AlauzetPierre BoyerVéronique DuboisKaty JeannotStephane CorvecJean-Philippe LavigneThomas GuillardAudrey Merens GontierThierry NaasHolger RohdeStefan ZiesingCan ImirzaliogluKlaus-Peter HunfeldJette JungSören GatermannMathias W PletzGabriele BiancoAnna GiammancoDavide CarcioneGiammarco RaponiCaterina MatinatoEnea Gino Di DomenicoPaolo GaibaniAnna MarcheseFabio ArenaClaudia NiccolaiStefania StefaniCristina PitartJose Luis BarriosEmilia CercenadoGerman BouAlicia Beteta LopezRafael CantonJose Lopez HontangasIrene Gracia-AhufingerAntonio OliverLorena Lopez-CereroNieves LarrosaDavid WarehamJohn D PerryAnna CaseyJasvir NahlDaniel HughesMichael CoyneMichelle ListerMarie Attwood
• Organismes : Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon Université Marie et Louis Pasteur Stress, Immunité, Pathogènes Pathogens Host Arthropod Vectors Interfaces Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon Université Marie et Louis Pasteur Virulence Bactérienne et Infections Chroniques Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes
• Publié dans Microbiology Spectrum le 26/10/2020

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Résumé : Carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter spp. represent major threats and have few approved therapeutic options. Non-fermenting Gram-negative isolates were collected from hospitalized inpatients from 49 sites in 6 European countries between 01 January 2020 and 31 December 2020 and underwent susceptibility testing against cefiderocol and β-lactam/β-lactamase inhibitor combinations. Meropenem-resistant (MIC >8 mg/L), cefiderocol-susceptible susceptiblecefiderocol-susceptibleisolates were analyzed by PCR, and cefiderocol-resistant isolates were analyzed by whole-genome sequencing to identify resistance mechanisms. Overall, 1,451 (950 P. aeruginosa; 501 Acinetobacter spp.) isolates were collected, commonly from the respiratory tract (42.0% and 39.3%, respectively). Cefiderocol susceptibility was higher than β-lactam/β-lactamase inhibitor combinations against P. aeruginosa (98.9% vs 83.3%–91.4%), and P. aeruginosa resistant to meropenem (n = 139; 97.8% vs 12.2%–59.7%), β-lactam/β-lactamase inhibitor combinations (93.6%–98.1% vs 10.7%–71.8%), and both meropenem and ceftazidime-avibactam (96.7% vs 5.0%–45.0%) or ceftolozane-tazobactam (98.4% vs 8.1%–54.8%), respectively. Cefiderocol and sulbactam-durlobactam susceptibilities were high against Acinetobacter spp. (92.4% and 97.0%) and meropenem-resistant Acinetobacter spp. (n = 227; 85.0% and 93.8%) but lower against sulbactam-durlobactam- (n = 15; 13.3%) and cefiderocol- (n = 38; 65.8%) resistant isolates, respectively. Among meropenem-resistant P. aeruginosa and Acinetobacter spp., the most common β-lactamase genes were metallo-β-lactamases [30/139; blaVIM-2 (15/139)] and oxacillinases [215/227; blaOXA-23 (194/227)], respectively. Acquired β-lactamase genes were identified in 1/10 and 32/38 of cefiderocol-resistant P. aeruginosa and Acinetobacter spp., and pirA-like or piuA mutations in 10/10 and 37/38, respectively. Conclusion: cefiderocol susceptibility was high against P. aeruginosa and Acinetobacter spp., including meropenem-resistant isolates and those resistant to recent β-lactam/β-lactamase inhibitor combinations common in first-line treatment of European non-fermenters.

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Fichiers liés : Henriksen et al,pseudomonas Microbiology spectrum, 2024.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 14/03/2024
• Auteurs : Jiaying HeWei LiZhe ZhaoLei ZhuXiaomeng DuYidi XuMinxuan SunJiaxin ZhouPhilippe CiaisWigneron J.-P.Ronggao LiuGuanghui LinLei Fan
• Organismes : Chinese Academy of Sciences [Beijing] Tsinghua University [Beijing] Tsinghua University [Beijing] Tsinghua University [Beijing] Tsinghua University [Beijing] Tsinghua University [Beijing] Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] Tsinghua University [Beijing] Tsinghua University [Beijing] Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] Interactions Sol Plante Atmosphère Chinese Academy of Sciences [Beijing] Chinese Academy of Forestry Southwest University [Chongqing]
• Publié dans Frontiers in Remote Sensing le 16/08/2021

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Résumé : Tropical moist forests have been severely affected by natural and anthropogenic disturbances, leading to substantial changes in global carbon cycle and climate. These effects have received great attention in scientific research and debates. Here we review recent progress on drivers and ecological impacts of tropical moist forest disturbances, and their monitoring and modeling methods. Disturbances in tropical moist forests are primarily driven by clearcutting, selective logging, fire, extreme drought, and edge effects. Compound disturbances such as fire and edge effects aggravate degradation in the edge forests. Drought can result in terrestrial carbon loss via physiological impacts. These disturbances lead to direct carbon loss, biophysical warming and microclimate change. Remote sensing observations are promising for monitoring forest disturbances and revealing mechanisms, which will be useful for implementing disturbance processes in dynamic vegetation models. Yet, constrained spatiotemporal coverages and resolutions limit the application of these data in process-based models. It is also challenging to represent physical processes derived from fine-resolution remote sensing data in coarse-resolution models. We highlight the need to continuously integrate new datasets and physical processes in forest disturbance modeling to advance understanding of disturbance patterns and impacts. Interactions and impacts of climate change and anthropogenic activities should also be considered for modeling and assessing feedbacks of tropical moist forest disturbances.

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Fichiers liés : frsen-05-1332728.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 13/03/2024
• Auteurs : Nina GrandremyPaul BourriauEdwin DachéMarie-Madeleine DanielouMathieu DorayChristine DupuyBertrand ForestLaetitia JalabertMartin HuretSophie Le MestreAntoine NowaczykPierre PetitgasPhilippe PineauJustin RouxelMorgan TardivelJean-Baptiste Romagnan
• Organismes : Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan Biologie et Ecologie des Ecosystèmes Marins Profonds Unité Dynamiques des Écosystèmes Côtiers Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan La Rochelle Université LIttoral ENvironnement et Sociétés Unité Recherches et Développements Technologiques Institut de la Mer de Villefranche Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer LIttoral ENvironnement et Sociétés Unité Recherches et Développements Technologiques Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer Unité Recherches et Développements Technologiques Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan
• Publié dans Earth System Science Data le 23/10/2020

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Résumé : This paper presents two metazoan zooplankton datasets obtained by imaging samples collected on the Bay of Biscay continental shelf in spring during the PELGAS (PELagique GAScogne) integrated surveys over the 2004–2019 period. The samples were collected at night with a 200 µm mesh-size WP2 net fitted with a Hydrobios (back-run stop) mechanical flowmeter and hauled vertically from the sea floor to the surface, with the maximum depth set at 100 m when the bathymetry was deeper than this. The first dataset originates from samples collected from 2004 to 2016 and imaged on land with the ZooScan and is composed of 1 153 507 imaged and measured objects. The second dataset originates from samples collected from 2016 to 2019 and imaged onboard the R/V Thalassa with the ZooCAM and is composed of 702 111 imaged and measured objects. The imaged objects are composed of zooplankton individuals, zooplankton pieces, non-living particles and imaging artefacts ranging from 300 µm to 3.39 mm in equivalent spherical diameter which were individually imaged, measured and identified. Each imaged object is geolocated and associated with a station, a survey, a year and other metadata. Each object is described by a set of morphological and grey-level-based features (8 bit encoding, 0 = black, 255 = white), including size, that were automatically extracted from each individual image. Each object was taxonomically identified using the web-based application Ecotaxa with built-in random-forest and CNN-based semi-automatic sorting tools, which was followed by expert validation or correction. The objects were sorted into 172 taxonomic and morphological groups. Each dataset features a table combining metadata and data at individual-object granularity from which one can easily derive quantitative population and community descriptors such as abundances, mean sizes, biovolumes, biomasses and size structure. Each object's individual image is provided along with the data. These two datasets can be used in combination for ecological studies, as the two instruments are interoperable, or they can be used as training sets for ZooScan and ZooCAM users. The data presented here are available at the SEANOE dataportal: https://doi.org/10.17882/94052 (ZooScan dataset, Grandremy et al., 2023c) and https://doi.org/10.17882/94040 (ZooCAM dataset, Grandremy et al., 2023d).

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Fichiers liés : essd-16-1265-2024.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 13/03/2024
• Auteurs : Nina GrandremyPaul BourriauEdwin DachéMarie-Madeleine DanielouMathieu DorayChristine DupuyBertrand ForestLaetitia JalabertMartin HuretSophie Le MestreAntoine NowaczykPierre PetitgasPhilippe PineauJustin RouxelMorgan TardivelJean-Baptiste Romagnan
• Organismes : Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan Biologie et Ecologie des Ecosystèmes Marins Profonds Unité Dynamiques des Écosystèmes Côtiers Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan LIttoral ENvironnement et Sociétés Unité Recherches et Développements Technologiques Institut de la Mer de Villefranche Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer LIttoral ENvironnement et Sociétés Unité Recherches et Développements Technologiques Unité Recherches et Développements Technologiques Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan
• Publié dans Earth System Science Data le 11/09/2023

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Résumé : This paper presents two metazoan zooplankton datasets obtained by imaging samples collected on the Bay of Biscay continental shelf in spring during the PELGAS integrated surveys, over the 2004–2019 period. The samples were collected at night, with a WP2 200 µm mesh size fitted with a Hydrobios (back-run stop) mechanical flowmeter, hauled vertically from the sea floor to the surface with a maximum depth set at 100 m when the bathymetry is deeper. The first dataset originates from samples collected from 2004 to 2016, imaged on land with the ZooScan and is composed of 1,153,507 imaged and measured objects. The second dataset originates from samples collected from 2016 to 2019, imaged on board the R/V Thalassa with the ZooCAM and is composed of 702,111 imaged and measured objects. The imaged objects is composed of zooplankton individuals, zooplankton pieces, non-living particles and imaging artefacts, ranging from 300 µm to 3.39 mm Equivalent Spherical Diameter, individually imaged, measured and identified. Each imaged object is geolocated, associated to a station, a survey, a year and other metadata. Each object is described by a set of morphological and grey level based features (8 bits encoding, 0 = black, 255 = white), including size, automatically extracted on each individual image. Each object was taxonomically identified using the web based application Ecotaxa with built-in, random forest and CNN based, semi-automatic sorting tools followed by expert validation or correction. The objects were sorted in 172 taxonomic and morphological groups. Each dataset features a table combining metadata and data, at the individual object granularity, from which one can easily derive quantitative population and communities descriptors such as abundances, mean sizes, biovolumes, biomasses, and size structure. Each object’s individual image is provided along with the data. These two datasets can be used combined together for ecological studies as the two instruments are interoperable, or as training sets for ZooScan and ZooCAM users.

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Fichiers liés : essd-16-1265-2024.pdf

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