Philippe JEAN-PIERRE

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 19/07/2004
• Auteurs : Florence RaynalFrédéric PlazaAurélien BeufPhilippe CarrièreÉliane SouteyrandJean-René MartinJ.-P. CloarecMichel Cabrera
• Organismes : Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique INL - Chimie et Nanobiotechnologies INL - Chimie et Nanobiotechnologies INL - Chimie et Nanobiotechnologies INL - Lab-On-Chip et Instrumentation
• Publié dans Physics of Fluids le 02/11/2020

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Résumé : Numerical simulations of a micromixing system based on chaotic advection for improved deoxyribonucleic acid (DNA) chip hybridization are presented. To attain best chip performance, homogeneous dispersion of DNA molecules throughout the chamber in which the chip is placed is of primary importance. Poincaré sections of a simple time-periodic flow, based on numerical simulations of the flow, are compared with visualizations in a scaled-up experiment, with good agreement. The influence on mixing efficiency of varying the period of the flow at fixed volume flow rate is studied and a trade off is found between the absence of regular islands and a small enough total sample volume. The results illustrate the potential for optimization of such devices based on numerical flow simulations. The DNA chip has become one of the core technologies in genetics research. A DNA chip is composed of an array of biological probes, such as arrays of oligonucleotides with predetermined sequences, fixed to a solid surface. With improvements of miniaturization techniques, it is possible to have hundreds of thousands of probes on a chip of 1 cm width or less. There are many different methods for making and reading such a chip, but this lies outside the scope of the paper (see Ref. 1 for an overview). In the process of genetic analysis, the array is exposed to labeled DNA samples (with fluorescent markers, for instance). When complementary sequences combine together, the chip is said to be hybridized. That is to say (in theory): the labeled DNA samples are hy-bridized specifically to their complementary biological probes, and are not hybridized to noncomplementary probes. Thus, using a fluorescence technique, some spots on the array fluoresce and others do not, leading to the determination of the chemical composition (the genetic sequence) of the DNA samples. Hybridization requires that complementary molecules encounter each other at some point in time. This may be achieved by pure molecular diffusion of DNA in the solution. In that case it is possible to estimate the typical diffusion

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Fichiers liés : Raynal_etal_PoF2004.pdf

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 18/07/2004
• Auteurs : Christophe SotinJean-Philippe CombeDaniela DespanS. LemouelicAline Gendrin
• Organismes : Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Pôle Planétologie du LESIA

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 18/07/2004
• Auteurs : Michel MoncuquetH. MatsumotoJean-Louis BougeretKarine IssautierH. KojimaMilan MaksimovicNicole MeyerPhilippe Zarka
• Organismes : Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Physique des plasmas Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Physique des plasmas Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Physique des plasmas Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Physique des plasmas Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Physique des plasmas Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Physique des plasmas

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 16/07/2004
• Auteurs : Cédric Dumez-ViouAndrée CoffrePierre ColomLaurent DenisAlain LecacheuxJean-Michel MartinPhilippe RavierRodolphe WeberPhilippe Zarka
• Organismes : Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Physique des plasmas Pôle Planétologie du LESIA Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Physique des plasmas Pôle Planétologie du LESIA Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Physique des plasmas Pôle Planétologie du LESIA Galaxies, Etoiles, Physique, Instrumentation Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique Physique des plasmas Pôle Planétologie du LESIA

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 12/07/2004
• Auteurs : Remi ParmentierM.C. Phan HuyGuillaume LaffontV. Dewinter-MartyPierre FerdinandPhilippe RoyJean-Marc BlondyDominique PagnouxBernard Dussardier
• Organismes : Laboratoire Capteurs Fibres Optiques (CEA, LIST) Laboratoire Capteurs Fibres Optiques (CEA, LIST) Laboratoire Capteurs Fibres Optiques (CEA, LIST) Laboratoire Capteurs Fibres Optiques (CEA, LIST) Laboratoire Capteurs Fibres Optiques (CEA, LIST) Institut de Recherche en Communications Optiques et Microondes Institut de Recherche en Communications Optiques et Microondes Institut de Recherche en Communications Optiques et Microondes Laboratoire de physique de la matière condensée

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Fichiers liés : article_RParmentier POWAG_July 2004.pdf

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 11/07/2004
• Auteurs : David NavarrePierre DragicevicPhilippe PalanqueAmélie SchynRémi Bastide
• Organismes : Interactive Critical Systems Université Toulouse Capitole Logiciels Interactifs et Interaction Homme-Système Interactive Critical Systems Université Toulouse III - Paul Sabatier Logiciels Interactifs et Interaction Homme-Système Logiciels Interactifs et Interaction Homme-Système

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Résumé : This paper presents a tool suite (made up of two previously unrelated approaches) for the engineering of multimodal Post-WIMP Interactive Systems. The first element of this integration is ICOM (a data-flow model dedicated to low-level input modelling) and its environment ICON which allows for editing and simulating ICOM models. The other element is ICOs (a formal description technique mainly dedicated to dialogue modelling) and its environment PetShop which allows for editing, simulating and verifying ICOs models. This paper shows how these two approaches have been integrated and how they support multimodal interactive systems engineering. We show on a classical rubber banding case study how these tools can be used for prototyping interactive systems. We also present in details how the changes in the interaction techniques impact the models at various levels of the software architecture.

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/07/2004
• Auteurs : Jean-Pierre RouaultCyril BerthetAnne-Marie MoreraMarie-Jeanne AsensioMarie-Agnès BergerAnne-Pierre MorelFrédérique DijoudJean-Pierre MagaudPhilippe Durand
• Organismes : Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon Communications Cellulaires et Différenciation Régulations métaboliques, nutrition et diabètes - UM55 Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] Laboratoire d'Hématologie Cellulaire Communications Cellulaires et Différenciation
• Publié dans Molecular and Cellular Biology le 28/10/2020

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/07/2004
• Auteurs : Bernard DujonDavid James ShermanGilles FischerPascal DurrensSerge CasaregolaIngrid LafontaineJacky de MontignyChristian MarckCécile NeuvégliseEmmanuel TallaNicolas GoffardLionel FrangeulMichel AigleVéronique AnthouardAnna BabourValerie BarbeStéphanie BarnaySylvie BlanchinJean-Marie BeckerichEmmanuelle BeyneClaudine BleykastenAnita BoisraméJeanne BoyerL. CattolicoFabrice ConfanioleriAntoine de DaruvarLaurence DesponsEmmanuelle FabreCécile FairheadHélène Ferry-DumazetAlexis GroppiFlorence HantrayeChristophe HennequinNicolas JauniauxPhilippe JoyetRym KachouriAlix KerrestRomain KoszulMarc LemaireIsabelle LesurLaurence MaHéloïse MullerJean-Marc NicaudMacha NikolskiSophie OztasOdile Ozier-KalogeropoulosStefan PellenzSerge PotierGuy-Franck RichardMarie-Laure StraubAudrey SuleauDominique SwennenFredj TekaiaMicheline Wésolowski-LouvelÉric WesthofBénédicte WirthMaria Zeniou-MeyerIvan ZivanovicMonique Bolotin-FukuharaAgnès ThierryChristiane BouchierBernard CaudronClaude ScarpelliClaude GaillardinJean WeissenbachPatrick WinckerJean-Luc Souciet
• Organismes : Génétique Moléculaire des Levures Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique Centre de Bioinformatique de Bordeaux Génétique Moléculaire des Levures Centre de Bioinformatique de Bordeaux Institut de biochimie et génétique cellulaires Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Génétique Moléculaire des Levures Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes Service de Biochimie Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Génétique Moléculaire des Levures Centre de Bioinformatique de Bordeaux Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform Institut de biochimie et génétique cellulaires Génomique métabolique Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Génomique métabolique Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique Centre de Bioinformatique de Bordeaux Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Génétique Moléculaire des Levures Génomique métabolique Institut de génétique et microbiologie [Orsay] Centre de Bioinformatique de Bordeaux Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes Génétique Moléculaire des Levures Génétique Moléculaire des Levures Centre de Bioinformatique de Bordeaux Centre de Bioinformatique de Bordeaux Génétique des Interactions Macromoléculaires Génétique Moléculaire des Levures Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Génétique Moléculaire des Levures Génétique Moléculaire des Levures Unité de Microbiologie et génétique Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform Génétique Moléculaire des Levures Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique Génomique métabolique Génétique Moléculaire des Levures Génétique Moléculaire des Levures Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes Génétique Moléculaire des Levures Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Génétique Moléculaire des Levures Unité de Microbiologie et génétique Architecture et réactivité de l'ARN Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes Institut de génétique et microbiologie [Orsay] Institut de génétique et microbiologie [Orsay] Génétique Moléculaire des Levures Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform Logiciels et Banques de Données Génomique métabolique Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire Génomique métabolique Génomique métabolique Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
• Publié dans Nature le 29/10/2020

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Résumé : Identifying the mechanisms of eukaryotic genome evolution by comparative genomics is often complicated by the multiplicity of events that have taken place throughout the history of individual lineages, leaving only distorted and superimposed traces in the genome of each living organism. The hemiascomycete yeasts, with their compact genomes, similar lifestyle and distinct sexual and physiological properties, provide a unique opportunity to explore such mechanisms. We present here the complete, assembled genome sequences of four yeast species, selected to represent a broad evolutionary range within a single eukaryotic phylum, that after analysis proved to be molecularly as diverse as the entire phylum of chordates. A total of approximately 24,200 novel genes were identified, the translation products of which were classified together with Saccharomyces cerevisiae proteins into about 4,700 families, forming the basis for interspecific comparisons. Analysis of chromosome maps and genome redundancies reveal that the different yeast lineages have evolved through a marked interplay between several distinct molecular mechanisms, including tandem gene repeat formation, segmental duplication, a massive genome duplication and extensive gene loss.

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/07/2004
• Auteurs : Estelle Jumas-BilakJean-Philippe CarlierHélène Jean-PierreCorinne TeyssierBernard GayJosiane CamposH. Marchandin
• Organismes : Université Montpellier 1 Centre National de Référence des Bactéries Anaérobies et Botulisme - National Reference Center Anaerobic Bacteria and Botulism Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHU Montpellier] Université Montpellier 1 Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHU Montpellier] Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHU Montpellier] Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHU Montpellier]
• Publié dans International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology le 31/10/2020

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Résumé : Three strains of a hitherto unknown, Gram-negative, anaerobic coccus were isolated from human samples. At the phenotypic level, the isolates displayed all the characteristics of bacteria belonging to the genus Veillonella . Sequence analysis revealed that the three strains shared >99·5 % similarity in 16S rDNA sequence and >98·4 % similarity in dnaK sequence. The three unknown strains formed a separate subclade that was clearly remote from Veillonella species of human and animal origin. Based on these results, the three strains were considered to represent a novel species within the genus Veillonella , for which the name Veillonella montpellierensis is proposed. The type strain of the species is ADV 281.99 T (=CIP 107992 T =CCUG 48299 T ).

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/07/2004
• Auteurs : Jean-Christophe DavietPierre DudognonPierre-Marie PreuxIsabelle RebeyrottePhilippe LacroixMarguerite MunozJean Yves Salle
• Organismes : Service de Médecine Physique et de Réadaptation [CHU Limoges] Neuroépidémiologie Tropicale et Comparée Service de Médecine Physique et de Réadaptation [CHU Limoges] Neuroépidémiologie Tropicale et Comparée Neuroépidémiologie Tropicale et Comparée Laboratoire de Biostatistique et d'Informatique Médicale Service de l'Information Médicale et de l'Évaluation [CHU Limoges] Neuroépidémiologie Tropicale et Comparée Service de Chirurgie Thoracique et Vasculaire - Médecine vasculaire [CHU Limoges] Service de Médecine Physique et de Réadaptation [CHU Limoges] Neuroépidémiologie Tropicale et Comparée
• Publié dans Archives of Physical Medicine and Rehabilitation le 27/10/2020

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Résumé : OBJECTIVE: To verify the reproducibility of measurement of transcutaneous oxygen tension (TcPo(2)) on the back of the hand in control subjects and stroke patients in the assessment of the complex regional pain syndrome type I (CRPS I). DESIGN: Case series study. SETTING: Physical medicine and rehabilitation department at a university hospital. PARTICIPANTS: Eighteen control subjects, 30 stroke patients without CRPS I, and 12 stroke patients with CRPS I. INTERVENTIONS: Not applicable. MAIN OUTCOME MEASURES: TcPo(2) was measured on the back of hands on 2 consecutive days using a polarographic technique. The reproducibility was evaluated by using the intraclass correlation coefficient (ICC) and the coefficient of variation. RESULTS: In the controls, the values of TcPo(2) were not reproducible, with an ICC of.51 (95% confidence interval [CI],.23-.72). Similarly, in the hemiplegics with and without CRPS I, TcPo(2) was not reproducible, with an ICC of.43 (95% CI, -.15 to.74) and.69 (95% CI,.45-.84), respectively. The differences between the 2 upper limbs were even less reproducible in each population. CONCLUSIONS: Measurement of TcPo(2) on the hand using our procedure did not seem to be sufficiently reproducible for application to a pathology such as CRPS I.

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