Bilan sur l’accessibilité des ADNs à partir des pièces osseuses archéologiques chez lesles Anguillidae et Salmonidae européens
- Type de publi. : Communication dans un congrès
- Date de publi. : 15/03/2022
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Auteurs :
Natacha NikolicJoelle ChatAurélie ManickiBrice EphremMichel BarbazaBenoit ClavelMorgane DacharyCamille DaujeardHamilton-Dyer SheilaJennifer HarlandStéphan HinguantMarie-Pierre Horard-HerbinHummel EsmeeInge van Der JagtLeif JönssonStéphane MadelaineDaniel MakowieckiThomas PerrinPrimault JérômeQuinlan LizSchmölcke UlrichMyriam SternbergRégis DebruynePhilippe Béarez
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Organismes :
Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons
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BioArchéologie, Interactions Sociétés Environnements
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BioArchéologie, Interactions Sociétés Environnements
Résumé : Dans le cadre du projet PALEOFISH, nous avons analysé un total de 163 pièces calcifiées de poisson, principalement des vertèbres, ayant été identifiées par les archéo-ichtyologues comme des Anguillidae (65) ou des Salmonidae (98), et datées du paléolithique à la fin de la période médiévale. L’extraction des ADNs anciens a été réalisée à partir d’une moyenne d'environ 30 mg de matière osseuse, selon un protocole dédié. Ces échantillons ont ensuite été convertis en banques Illumina et séquencés à faible profondeur. Pour automatiser le pré-traitement des données de séquençage (nettoyage des séquences et qualification pré/post nettoyage) et l'alignement avec les génomes de référence (FastQC, Fastp, BWA), nous avons développé un workflow sous Galaxy (Genotoul). Nous avons ainsi pu aligner toutes les séquences par rapport aux génomes de référence disponibles dans la base de données NCBI, chez l’ensemble des Salmonidae et Anguillidae, ainsi que sur d'autres génomes de référence de poissons, de bactéries et de vertébrés.Les résultats montrent une longueur moyenne des séquences après nettoyage comprise entre 40 et 70 pb, avec une teneur en GC d'environ 50 %. Les échantillons ont fourni de 2 à 19 millions de séquences (avec une moyenne arithmétique de 3,64 millions pour tous les échantillons ; 3,3 millions pour les Salmonidae et 4,5 millions pour les Anguillidae).Cette étude permet de révéler à la fois un taux de réussite élevé dans la production de séquences à l’échelle du génome de ces échantillons archéologiques et la capacité à aborder leur identification génétique au niveau spécifique chez les Anguillidae (56 échantillons correctement identifiés sur 65 totaux) et les Salmonidae (85 échantillons correctement identifiés sur 98 totaux à Salmo sp.), ce qui représente des taux de succès importants (86 % et 87 % respectivement). Le pourcentage moyen d'ADN endogène était également élevé pour les deux taxons : il varie de 1,5 à 76,8 %, avec une moyenne arithmétique de 38,3 % pour les Anguillidae, et de 0,6 à 87,7 %, avec une moyenne arithmétique de 27,8 %, pour les Salmonidae. Ces premières étapes d’évaluation quantitative (rendement total) et qualitative (taux d’ADN endogène) révèlent le potentiel d’utilisation des pièces archéologiques calcifiées chez les poissons.
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