Philippe JEAN-PIERRE

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• Type de publi. : Rapport
• Date de publi. : 01/05/2021
• Auteurs : Jean-François SilvainRobin GoffauxHélène SoubeletFrancois SarrazinLuc AbbadieCécile H. AlbertIsabelle ArpinSébastien BarotDaniel BarthélémyDidier BazilePhilippe BilletCéline BoudetNathalie CharbonnelAnne CharmantierGauthier DobignyLaure EmperaireSabrina GabaP. GaubertEmmanuelle Gilot-FromontPhilippe GrandcolasJean-François GuéganHervé JactelYann LauransVincent LeblanLine Le GallHarold LevrelSerge MorandJean-Louis MorelFrançois MoutouJean-Louis PhamOlivier PlantardDominique PontierBenjamin RocheFrançois RogerGuillaume SaintenyPierre ScemamaSamuel SoubeyrandEric ThybaudMarion VittecoqGwenaël Vourc’h
• Organismes : Fondation pour la recherche sur la Biodiversité Fondation pour la recherche sur la Biodiversité Fondation pour la recherche sur la Biodiversité Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation Institut de la Transition Environnementale Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale Laboratoire des EcoSystèmes et des Sociétés en Montagne Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations Département Systèmes Biologiques Savoirs, ENvironnement et Sociétés Département Environnements et Sociétés Institut de Droit de l'Environnement Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques Centre de Biologie pour la Gestion des Populations Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive Centre de Biologie pour la Gestion des Populations Patrimoines locaux, Environnement et Globalisation Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 Evolution et Diversité Biologique Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes Biodiversité, Gènes & Communautés Institut du Développement Durable et des Relations Internationales Institut francilien recherche, innovation et société Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité Centre International de Recherche sur l'Environnement et le Développement Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes Laboratoire Sols et Environnement Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail Retraité Agropolis International Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes Fondation pour la recherche sur la Biodiversité Plan Bleu Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer Biostatistique et Processus Spatiaux Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques Institut de recherche de la Tour du Valat Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques

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Résumé : The major public health, economic and social crisis resulting from the Covid-19 pandemic raises many questions as to its origin, its dynamics and the mechanisms that explain it. This pandemic also raises questions about the future: on the implication of environmental issues in this type of phenomenon, and on the conditions that would have allowed to, if not prevent, then at least better anticipate this crisis and reduce its impact, in order to be better prepared in the future. Decision-making structures, governments and ministries confronted with widely divergent views and opinions, particularly on the link between Covid-19 and the biodiversity crisis, have turned to research organizations for answers to the following questions: • How is the current health crisis related to wildlife? What role did wild species play in the emergence of this pandemic? • What is the link between this type of crisis, biodiversity loss and the destruction of natural habitats? Can we draw a parallel between the damage done to biodiversity and the increase in zoonotic diseases, which are a source of epidemics and even pandemics? • What is the link between this type of crisis, food production and transportation systems (for humans, livestock, agricultural products)? Can certain agricultural and food production systems, or the increasing rate of international transport, directly or indirectly facilitate the evolution of an emerging infectious disease into an epidemic and ultimately into a pandemic? The relevant ministries and research institutions of the AllEnvi alliance (The National Alliance for Environmental Research) have entrusted the FRB (The French Foundation for Biodiversity Research) and its Scientific Council with the task of giving the biodiversity science community's perspective on the current crisis, and on the relationship between zoonotic diseases, biodiversity and ecosystem services. This report had three objectives: • identify the issues for which there is consensus in the scientific community (including regarding the questions raised by the different departments); • outline the issues that remain open to question, because of dissensus within the research community or gaps in the scientific knowledge; • deliver messages to decision makers; make science-based recommendations for actions or options of measures that could be taken, in order to assist public decision-making.

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Fichiers liés : FRB-Covid19-English-version-2021-05.pdf

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• Type de publi. :
• Date de publi. : 01/05/2021
• Auteurs : Nathalie MezureuxMarie WozniakPhilippe DufieuxChristian MarcotStephanie DadourSibylle Le VotDenyse Rodriguez-ThoméMaxime DecommerBernard HaumontShahram AbadieGauthier BolleJean-Henri FabreAlison Gorel Le PennecAlice AgostiniLorenzo Diez
• Organismes : École nationale supérieure d'architecture de Lyon École nationale supérieure d'architecture de Grenoble École nationale supérieure d'architecture de Lyon EVS-LAURe École nationale supérieure d'architecture de Lyon EVS-LAURe Architecture, Culture, Société XIXe-XXIe s Méthodes et Histoire de l'Architecture Cité de l'architecture et du patrimoine École nationale supérieure d'architecture de Lyon EVS-LAURe École nationale supérieure d'architecture de Bretagne Architecture, Culture, Société XIXe-XXIe s Groupe de recherche sur l’invention et l’évolution des formes École nationale supérieure d'architecture de Paris Val-de-Seine Centre de Recherche sur l'Habitat École nationale supérieure d'architecture de Strasbourg Arts, civilisation et histoire de l'Europe École nationale supérieure d'architecture de Strasbourg Arts, civilisation et histoire de l'Europe École nationale supérieure d'architecture de Toulouse Laboratoire de recherche en architecture Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne Histoire culturelle et sociale de l'art Sorbonne Université Centre André Chastel : Laboratoire de recherche en histoire de l'art Laboratoire d'Histoire de l'Architecture Contemporaine Direction régionale des affaires culturelles - Grand-Est

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Résumé : 3. Éditos // 4. Histoires d'écoles // 13. La décentralisation de l'enseignement de l'architecture, un enjeu professionnel de province inabouti // 19. La société académique d'architecture de Lyon, l'enseignement de l'architecture et la profession d'architecte, 1830-1951 // 25. L'office du nègre : le bureau de placement de la Grande Masse // 31. La profession : toujours présente ! Permanence et renouvellement des valeurs // 37. Une exception alsacienne : le statut des architectes diplômés de l'École Nationale des Ingénieurs de Strasbourg (actuel INSA) // 43. Formation, métier, profession : droits de mitoyenneté // 49. La figure de l'architecte post-68. L'idéal efficace d'Henri Ciriani et de ses étudiants // 55. "Administration de l'architecture et contrôle architectural" : le séminaire de Jean-Pierre Epron à l'École de Chaillot, 1987-2001 // 62. Veille scientifique

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Fichiers liés : HEnsA20_09_pages doubles.pdf

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• Type de publi. : Rapport
• Date de publi. : 01/05/2021
• Auteurs : Jean-François SilvainRobin GoffauxHélène SoubeletFrancois SarrazinLuc AbbadieCécile H. AlbertSamuel AlizonIsabelle ArpinSébastien BarotDaniel BarthélémyDidier BazilePhilippe BilletCéline BoudetNathalie CharbonnelAnne CharmantierGauthier DobignyLaure EmperaireSabrina GabaPhilippe GaubertEmmanuelle Gilot-FromontPhilippe GrandcolasJean-François GuéganHervé JactelYann LauransVincent LeblanLine Le GallHarold LevrelSerge MorandJean-Louis MorelFrançois MoutouJean-Louis PhamOlivier PlantardDominique PontierBenjamin RocheFrançois RogerGuillaume SaintenyPierre ScemamaSamuel SoubeyrandEric ThybaudMarion VittecoqGwenaël Vourc’h
• Organismes : Fondation pour la recherche sur la Biodiversité Fondation pour la recherche sur la Biodiversité Fondation pour la recherche sur la Biodiversité Sorbonne Université Sorbonne Université Centre National de la Recherche Scientifique Laboratoire des EcoSystèmes et des Sociétés en Montagne Institut de Recherche pour le Développement Direction Générale Déléguée à la Recherche et à la Stratégie Gestion des ressources renouvelables et environnement Département Environnements et Sociétés Université Jean Moulin Lyon 3 - Faculté de Droit Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques Centre de Biologie pour la Gestion des Populations Centre National de la Recherche Scientifique Institut Ecologie et Environnement - CNRS Ecologie et Environnement Institut de Recherche pour le Développement Institut de Recherche pour le Développement Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 Institut de Recherche pour le Développement Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité Institut de Recherche pour le Développement Biodiversité, Gènes & Communautés Institut du Développement Durable et des Relations Internationales Institut de Recherche pour le Développement Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité Centre International de Recherche sur l'Environnement et le Développement Centre National de la Recherche Scientifique Institut Ecologie et Environnement - CNRS Ecologie et Environnement Laboratoire Sols et Environnement Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail Retraité Institut de Recherche pour le Développement Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale Université Claude Bernard Lyon 1 Institut de Recherche pour le Développement Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes Fondation pour la recherche sur la Biodiversité Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer Biostatistique et Processus Spatiaux Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques Institut de recherche de la Tour du Valat Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques

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Résumé : L’épidémie COVID-19 pose de nombreuses questions. Quels sont les liens de cette crise sanitaire avec la faune sauvage, quels sont ses liens avec l’érosion de la biodiversité que le dernier rapport de l’Ipbes a souligné, quels sont ses liens avec certains systèmes de production alimentaire et plus généralement avec l’anthropisation de la planète ? Pour les éclairer sur ces sujets, les pouvoirs publics se sont tournés vers la recherche.

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Fichiers liés : Mobilisation-FRB-Covid-19-06-2021-Ok-FR.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/05/2021
• Auteurs : Ana Maria Roxana PetrescuChunjing QiuPhilippe CiaisRona ThompsonP. PeylinMatthew McgrathEfisio SolazzoGreet Janssens-MaenhoutFrancesco TubielloPeter BergamaschiDominik BrunnerGlen PetersLena Höglund-IsakssonPierre RegnierRonny LauerwaldDavid BastvikenAki TsurutaW. WiniwarterPrabir K. PatraMatthias KuhnertGabriel OreggioniMonica CrippaMarielle SaunoisLucia PeruginiTiina MarkkanenTuula AaltoChristine Groot ZwaaftinkHanqin TianYuanzhi YaoChris WilsonGiulia ConcheddaDirk GüntherAdrian LeipPete SmithJean-Matthieu HaussaireAntti LeppänenAlistair ManningJoe McnortonPatrick BrockmannAlbertus Johannes Dolman
• Organismes : Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam] Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] ICOS-ATC Norwegian Institute for Air Research Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] Modélisation des Surfaces et Interfaces Continentales Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] European Commission - Joint Research Centre [Ispra] European Commission - Joint Research Centre [Ispra] Food and Agriculture Organization of the United Nations European Commission - Joint Research Centre [Ispra] Swiss Federal Laboratories for Materials Science and Technology [Dübendorf] Center for International Climate and Environmental Research [Oslo] International Institute for Applied Systems Analysis [Laxenburg] Université libre de Bruxelles = Free University of Brussels Université libre de Bruxelles = Free University of Brussels Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] Modélisation du climat
• Publié dans Earth System Science Data le 23/10/2020

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Résumé : Reliable quantification of the sources and sinks of greenhouse gases, together with trends and uncertainties, is essential to monitoring the progress in mitigating anthropogenic emissions under the Paris Agreement. This study provides a consolidated synthesis of CH4 and N2O emissions with consistently derived state-of-the-art bottom-up (BU) and top-down (TD) data sources for the European Union and UK (EU27 + UK). We integrate recent emission inventory data, ecosystem process-based model results and inverse modeling estimates over the period 1990–2017. BU and TD products are compared with European national greenhouse gas inventories (NGHGIs) reported to the UN climate convention UNFCCC secretariat in 2019. For uncertainties, we used for NGHGIs the standard deviation obtained by varying parameters of inventory calculations, reported by the member states (MSs) following the recommendations of the IPCC Guidelines. For atmospheric inversion models (TD) or other inventory datasets (BU), we defined uncertainties from the spread between different model estimates or model-specific uncertainties when reported. In comparing NGHGIs with other approaches, a key source of bias is the activities included, e.g., anthropogenic versus anthropogenic plus natural fluxes. In inversions, the separation between anthropogenic and natural emissions is sensitive to the geospatial prior distribution of emissions. Over the 2011–2015 period, which is the common denominator of data availability between all sources, the anthropogenic BU approaches are directly comparable, reporting mean emissions of 20.8 Tg CH4 yr−1 (EDGAR v5.0) and 19.0 Tg CH4 yr−1 (GAINS), consistent with the NGHGI estimates of 18.9 ± 1.7 Tg CH4 yr−1. The estimates of TD total inversions give higher emission estimates, as they also include natural emissions. Over the same period regional TD inversions with higher-resolution atmospheric transport models give a mean emission of 28.8 Tg CH4 yr−1. Coarser-resolution global TD inversions are consistent with regional TD inversions, for global inversions with GOSAT satellite data (23.3 Tg CH4 yr−1) and surface network (24.4 Tg CH4 yr−1). The magnitude of natural peatland emissions from the JSBACH–HIMMELI model, natural rivers and lakes emissions, and geological sources together account for the gap between NGHGIs and inversions and account for 5.2 Tg CH4 yr−1. For N2O emissions, over the 2011–2015 period, both BU approaches (EDGAR v5.0 and GAINS) give a mean value of anthropogenic emissions of 0.8 and 0.9 Tg N2O yr−1, respectively, agreeing with the NGHGI data (0.9 ± 0.6 Tg N2O yr−1). Over the same period, the average of the three total TD global and regional inversions was 1.3 ± 0.4 and 1.3 ± 0.1 Tg N2O yr−1, respectively. The TD and BU comparison method defined in this study can be operationalized for future yearly updates for the calculation of CH4 and N2O budgets both at the EU+UK scale and at the national scale. The referenced datasets related to figures are visualized at https://doi.org/10.5281/zenodo.4590875 (Petrescu et al., 2020b).

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Fichiers liés : essd-13-2307-2021.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/05/2021
• Auteurs : Chloé BizotMarie-Anne BlinPierre GuichardPatrick SoudanJoël GaubicherPhilippe Poizot
• Organismes : Institut des Matériaux Jean Rouxel ARMOR SAS ARMOR SAS ARMOR SAS Institut des Matériaux Jean Rouxel Institut des Matériaux Jean Rouxel Institut des Matériaux Jean Rouxel
• Publié dans Electrochemistry Communications le 02/11/2020

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Fichiers liés : 1-s2.0-S1388248121000928-main.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/05/2021
• Auteurs : Adrien GuenegoCyril DargazanliDavid Weisenburger-LileBenjamin GorySébastien RichardCélina DucrouxMichel P. PiotinRaphaël BlancJulien LabreucheLudovic LucasMathilde AubertinAmel BenaliRomain BourcierLili DetrazStéphane VannierMaud GuillenFrançois EugèneGregory WalkerRonda LunArturo ConsoliBertrand LapergueRobert FahedHocine RedjemSimon EscalardJean-Philippe DesillesGabriele CiccioStanislas SmajdaBenjamin MaierSolene HebertFrançois DelvoyeMikaël MazighiMikael ObadiaCandice SabbenRoxanne PeresOvide CorabianuThomas de BrouckerDidier SmadjaSonia AlamowitchOlivier IlleEric ManchonPierre-Yves GarciaGuillaume TaylorMalek Ben MaachaAdrien WangSerge EvrardMaya TchikviladzeNadia AjiliDavid WeisenburgerLucas GorzaGéraldine BuardOguzhan CoskunFederico Di MariaGeorges RodeshSergio ZimatoreMorgan LeguenJulie GratieuxFernando PicoHaja RakotoharinandrasanaPhilippe TassanRoxanna PollSylvie MarinierGaultier MarnatFlorent GarielXavier BarreauJérôme BergeLouis VeunacPatrice MenegonIgor SibonStéphane OlindoPauline RenouSharmila SagnierMathilde PoliSabrina DebruxellesBenjamin Daumas-DuportPierre-Louis AlexandreMonica RoyCédric LenobleVincent L'AllinecJean-Baptiste GirotHubert DesalSerge BracardRené AnxionnatMarc BraunAnne-Laure DerelleRomain TonneletLiang LiaoFrançois ZhuEmmanuelle SchmittSophie PlanelLisa HumbertjeanGioia MioneJean-Christophe LacourMathieu BonnerotNolwenn Riou-ComteVincent CostalatCaroline ArquizanGrégory GascouPierre-Henri LefèvreImad DerrazCarlos RiquelmeNicolas GaillardIsabelle MourandLucas CortiEugene FrançoisJean-Christophe FerréHelene RaoultThomas RonziereMaria LassaleChristophe PayaJean-Yves GauvritClément TracolSophie Langnier-Lemercier
• Organismes : Hôpital de la Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rothschild [AP-HP] Hôpital Erasme = Erasmus Hospital = Erasmus Ziekenhuis Neuroradiologie [Hôpital Gui de Chauliac] Hôpital Foch [Suresnes] Imagerie Adaptative Diagnostique et Interventionnelle Département de neuroradiologie diagnostique et thérapeutique [CHRU Nancy] Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique Service de neurologie [CHRU Nancy] Hôpital de la Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rothschild [AP-HP] Hôpital de la Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rothschild [AP-HP] Hôpital de la Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rothschild [AP-HP] Evaluation des technologies de santé et des pratiques médicales - ULR 2694 Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux Hôpital de la Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rothschild [AP-HP] Neuroradiologie [Hôpital Gui de Chauliac] ITX - unité de recherche de l'institut du thorax ITX - unité de recherche de l'institut du thorax Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou] Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou] Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou] The Ottawa Hospital The Ottawa Hospital Service Neuroradiologie diagnostique et interventionnelle [Hôpital Foch] Imagerie Adaptative Diagnostique et Interventionnelle Hôpital Foch [Suresnes] Hôpital de la Fondation Ophtalmologique Adolphe de Rothschild [AP-HP] The Ottawa Hospital Imagerie Adaptative Diagnostique et Interventionnelle Imagerie Adaptative Diagnostique et Interventionnelle Imagerie Adaptative Diagnostique et Interventionnelle Imagerie Adaptative Diagnostique et Interventionnelle
• Publié dans World Neurosurgery le 28/10/2020

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/05/2021
• Auteurs : Salim Si-MohamedSara BoccaliniPierre-Antoine RodeschRiham DessoukyElias LahoudThomas BroussaudMonica SigovanDelphine GamondesPhilippe CoulonYoad YagilL. BousselPhilippe Douek
• Organismes : Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé Hospices Civils de Lyon Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé Hospices Civils de Lyon Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé Zagazig University Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé Hospices Civils de Lyon Philips Research Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé Hospices Civils de Lyon Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé
• Publié dans Diagnostic and Interventional Imaging le 01/11/2020

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Résumé : Purpose: The purpose of this study was to characterize the technical capabilities and feasibility of a large field-of-view clinical spectral photon-counting computed tomography (SPCCT) prototype for high-resolution (HR) lung imaging. Materials and methods: Measurement of modulation transfer function (MTF) and acquisition of a line pairs phantom were performed. An anthropomorphic lung nodule phantom was scanned with standard (120kVp, 62mAs), low (120kVp, 11mAs), and ultra-low (80kVp, 3mAs) radiation doses. A human volunteer underwent standard (120kVp, 63mAs) and low (120kVp, 11mAs) dose scans after approval by the ethics committee. HR images were reconstructed with 1024 matrix, 300mm field of view and 0.25mm slice thickness using a filtered-back projection (FBP) and two levels of iterative reconstruction (iDose 5 and 9). The conspicuity and sharpness of various lung structures (distal airways, vessels, fissures and proximal bronchial wall), image noise, and overall image quality were independently analyzed by three radiologists and compared to a previous HR lung CT examination of the same volunteer performed with a conventional CT equipped with energy integrating detectors (120kVp, 10mAs, FBP). Results: Ten percent MTF was measured at 22.3lp/cm with a cut-off at 31lp/cm. Up to 28lp/cm were depicted. While mixed and solid nodules were easily depicted on standard and low-dose phantom images, higher iDose levels and slice thicknesses (1mm) were needed to visualize ground-glass components on ultra-low-dose images. Standard dose SPCCT images of in vivo lung structures were of greater conspicuity and sharpness, with greater overall image quality, and similar image noise (despite a flux reduction of 23%) to conventional CT images. Low-dose SPCCT images were of greater or similar conspicuity and sharpness, similar overall image quality, and lower but acceptable image noise (despite a flux reduction of 89%). Conclusions: A large field-of-view SPCCT prototype demonstrates HR technical capabilities and high image quality for high resolution lung CT in human.

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Fichiers liés : S2211568421000012.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/05/2021
• Auteurs : Philippe ColsonAnthony LevasseurJeremy DelerceLucile PinaultPierre DudouetChristian DevauxPierre-Edouard FournierBernard La ScolaJean-Christophe LagierDidier Raoult
• Organismes : Microbes Evolution Phylogénie et Infections Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection Microbes Evolution Phylogénie et Infections Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection Microbes Evolution Phylogénie et Infections Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection Microbes Evolution Phylogénie et Infections Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection Microbes Evolution Phylogénie et Infections Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection Centre National de la Recherche Scientifique Microbes Evolution Phylogénie et Infections Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection Microbes Evolution Phylogénie et Infections Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection Microbes Evolution Phylogénie et Infections Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection Microbes Evolution Phylogénie et Infections Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection
• Publié dans Clinical Microbiology and Infection le 30/10/2020

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Fichiers liés : S1198743X21002263.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/05/2021
• Auteurs : Selim Ben ChehidaDenis FillouxEmmanuel FernandezOumaima MoubsetMurielle HoareauCharlotte JulianLaurence BlondinJean-Michel LettPhilippe RoumagnacPierre Lefeuvre
• Organismes : Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical Département Systèmes Biologiques Plant Health Institute of Montpellier Département Systèmes Biologiques Plant Health Institute of Montpellier Département Systèmes Biologiques Plant Health Institute of Montpellier Département Systèmes Biologiques Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical Département Systèmes Biologiques Plant Health Institute of Montpellier Département Systèmes Biologiques Plant Health Institute of Montpellier Département Systèmes Biologiques Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical Département Systèmes Biologiques Plant Health Institute of Montpellier Département Systèmes Biologiques Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical Département Systèmes Biologiques
• Publié dans Microorganisms le 24/10/2020

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Résumé : Next-generation sequencing (NGS), through the implementation of metagenomic protocols, has led to the discovery of thousands of new viruses in the last decade. Nevertheless, these protocols are still laborious and costly to implement, and the technique has not yet become routine for everyday virus characterization. Within the context of CRESS DNA virus studies, we implemented two alternative long-read NGS protocols, one that is agnostic to the sequence (without a priori knowledge of the viral genome) and the other that use specific primers to target a virus (with a priori). Agnostic and specific long read NGS-based assembled genomes of two capulavirus strains were compared to those obtained using the gold standard technique of Sanger sequencing. Both protocols allowed the detection and accurate full genome characterization of both strains. Globally, the assembled genomes were very similar (99.5–99.7% identity) to the Sanger sequences consensus, but differences in the homopolymeric tracks of these sequences indicated a specific lack of accuracy of the long reads NGS approach that has yet to be improved. Nevertheless, the use of the bench-top sequencer has proven to be a credible alternative in the context of CRESS DNA virus study and could offer a new range of applications not previously accessible.

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Fichiers liés : microorganisms-09-00903.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/05/2021
• Auteurs : Chloé BizotMarie-Anne BlinPierre GuichardJonathan HamonVincent FernandezPatrick SoudanJoël GaubicherPhilippe Poizot
• Organismes : Institut des Matériaux Jean Rouxel ARMOR SAS ARMOR SAS ARMOR SAS Institut des Matériaux Jean Rouxel Institut des Matériaux Jean Rouxel Institut des Matériaux Jean Rouxel Institut des Matériaux Jean Rouxel Institut des Matériaux Jean Rouxel
• Publié dans Electrochemistry Communications le 02/11/2020

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Fichiers liés : 1-s2.0-S1388248121000977-main.pdf

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