Philippe JEAN-PIERRE

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 15/10/2025
• Auteurs : Romain CeinosJean-Pierre AttalPhilippe FrançoisClaire-Adeline DantagnanElisabeth DursunLebon NicolasCarole Charavet
• Organismes : Université Côte d'Azur - Faculté de Chirurgie Dentaire Hôpital Saint-Roch [Nice] Aix-Marseille Université - Faculté des sciences médicales et paramédicales Université Paris Cité Santé orale Université Paris Cité Santé orale Université Paris Cité Santé orale Université Paris Cité Santé orale De Vinci Higher Education Santé orale Université Côte d'Azur - Faculté de Chirurgie Dentaire Centre Hospitalier Universitaire de Nice Microbiologie Orale, Immunothérapie et Santé
• Publié dans Biomatériaux Cliniques Dentaires le 05/04/2019

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Résumé : Souvent considéré comme une simple formalité marquant la fin du traitement, le débaguage orthodontique est en réalité une étape à haut risque iatrogène. Réalisé parfois de manière « précipitée », il peut entraîner des dommages irréversibles sur un émail fragilisé. Un paradoxe, compte tenu de la patience imposée durant des mois, voire des années de traitement. Bien que des données existent dans la littérature, le manque d’informations, de formation ou la sous-estimation des dégâts potentiels conduisent à sacrifier, parfois involontairement, la qualité au profit de la rapidité. Cet article propose de replacer le débaguage au centre des préoccupations cliniques. Il s’intéresse aux limites des instruments actuellement disponibles, tout en ouvrant des pistes vers une instrumentation plus précise, mieux tolérée par les tissus dentaires et compatible avec les contraintes de temps de la pratique clinique quotidienne.

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• Type de publi. : Pré-publication, Document de travail
• Date de publi. : 14/10/2025
• Auteurs : Céline BougelSébastien DejeanCaroline GiulioliPhilippe Saint-PierreNicolas SavySandrine Andrieu
• Organismes : Centre d'Epidémiologie et de Recherche en santé des POPulations Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 Centre d'Epidémiologie et de Recherche en santé des POPulations Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 Université de Toulouse Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 Université de Toulouse Centre d'Epidémiologie et de Recherche en santé des POPulations Service Epidémiologie clinique et santé publique [CHU Toulouse]

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Résumé : Background: Clinical trials are designed to prove the efficacy of an intervention by means of model-based approaches involving parametric hypothesis testing. Issues arise when no effect is observed in the study population. Indeed, an effect may be present in a subgroup and the statistical test cannot detect it. To investigate this possibility, we proposed to change the paradigm to a data-driven approach. We selected exploratory methods to provide another perspective on the data and to identify particular homogeneous subgroups of subjects within which an effect might be detected. In the setting of prevention trials, the endpoint is a trajectory of repeated measures. In the settings of prevention trials, the endpoint is a trajectory of repeated measures, which requires the use of methods that can take data autocorrelation into account. The primary aim of this work was to explore the applicability of different methods for clustering and classifying trajectories. Methods: The Multidomain Alzheimer Preventive Trial (MAPT) was a three-year randomized controlled trial with four parallel arms (NCT00672685). The primary outcome was a composite Z-score combining four cognitive tests. The data were analyzed by quadratic mixed effects model. This study was inconclusive. Exploratory analysis is therefore relevant to investigate the use of data-driven methods for trajectory classification. The methods used were unsupervised: k-means for longitudinal data, Hierarchical Cluster Analysis (HCA), graphic semiology, and supervised analysis with dichotomous classification according to responder status. Results: Using k-means for longitudinal data, three groups were obtained and one of these groups showed cognitive decline over the three years of follow-up. This method could be applied directly to the primary outcome, the composite Z-score with repeated observations over time. With the two others unsupervised methods, we were unable to process longitudinal data directly. It was therefore necessary to choose an indicator of change in trajectories and to consider the rate of change between two measurements. For the HCA method, Ward's aggregation was performed. The Euclidean distance and rates of change were applied for the graphic semiology method. Lastly, as there were no objective criteria to define responder status, we defined our responders based on clinical criteria. Discussion: In the princeps study, the prevention trial was found to be inconclusive, likely due to the heterogeneity of the population, which may have masked a treatment effect later identified in a refined subgroup of high Beta Amyloid subjects. So, we have adopted an alternative unsupervised approach to subject stratification based on their trajectories. We could then identify patterns of similar trajectories of cognitive decline and also highlight the potential problem of a large heterogeneity of the profiles, maybe due to the final endpoint considered.

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Fichiers liés : Bougel_etal_2025.pdf

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 13/10/2025
• Auteurs : Mary de FeudisKin On HoLaura HenryVanna PuglieseBoris YavkinMarie-Pierre AdamNicolas GuignotJean‐sébastien LauretFabien BénédicJocelyn AchardPhilippe GoldnerSerge DesgreniersJean-François Roch
• Organismes : Institut de Recherche de Chimie Paris CY Cergy Paris Université Laboratoire Lumière, Matière et Interfaces Synchrotron SOLEIL Università degli studi di Torino = University of Turin Laboratoire Lumière, Matière et Interfaces Laboratoire Lumière, Matière et Interfaces Synchrotron SOLEIL Laboratoire Lumière, Matière et Interfaces Laboratoire des Sciences des Procédés et des Matériaux Laboratoire des Sciences des Procédés et des Matériaux Institut de Recherche de Chimie Paris Laboratoire de physique des solides denses, Department of Physics, University of Ottawa Laboratoire Lumière, Matière et Interfaces

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Résumé : Diamonds and nanodiamonds (NDs) containing quantum color centers, such as nitrogen-vacancy (NV) centers, have been widely studied in recent years for their promising applications across various fields, including cryptography and telecommunications, medical sciences, and sensing. In the context of sensing, recent studies on color centers such as silicon-vacancy (SiV) and germanium-vacancy (GeV) centers have shown great potential for measuring physical quantities like magnetic fields, temperature, and strain. This is due to their intense zero-phonon line (ZPL) optical signal, about 80% of their total luminescence, which is characteristic of group-IV color centers (G4V) [1]. In our recent papers, we demonstrated that as-grown CVD NDs containing SiV and GeV centers, featuring luminescent ZPLs and excellent photostability at room temperature, can function effectively as nanosensors of high stress and pressure conditions (up to 180 GPa) [2, 3]. To advance our research, in this work we investigate the optical properties of SiV centers in as-grown NDs at cryogenic temperatures. For SiV centers, which have spin 1/2, the fine structure should become accessible through the Jahn-Teller effect, which lifts the degeneracy at cryogenic temperatures (< 20 K). However, experiments on our as-grown NDs reveal significant spectral broadening even at around 9 K, caused by lattice strain, which prevents access to the optically addressable electronic spin states of the SiV center. To overcome this limitation, we propose an original post-treatment involving high-pressure and high-temperature (HPHT) annealing using the Paris–Edinburgh press. In fact, the gradual increase of temperature and pressure allows for control over the undesired diamond-to-graphite phase transition. HPHT annealing experiments were conducted at the PSICHE beamline of Synchrotron SOLEIL [4], where X-ray diffraction and tomography analyses enabled precise monitoring of P,T parameters and made it possible for the first time to access single fine-structure transitions of the in such SiV-NDs. References [1] C. Bradac, et al., Nat. Commun. 10, 1 (2019). [2] B. Vindolet, et al., Phys. Rev. B 106, 214109 (2022). [3] M. De Feudis, et al., Adv. Mater. Interfaces 7, 1901408 (2019). [4] L. Henry et al., J. Synchrotron Rad. 29 (2022).

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• Type de publi. : Autre publication
• Date de publi. : 10/10/2025
• Auteurs : Carole CharavetLebon NicolasJean-Pierre AttalPhilippe FrançoisClaire-Adeline DantagnanElisabeth DursunRomain Ceinos
• Organismes : Université Côte d'Azur - Faculté de Chirurgie Dentaire Centre Hospitalier Universitaire de Nice Microbiologie Orale, Immunothérapie et Santé De Vinci Higher Education Santé orale Université Paris Cité Santé orale Université Paris Cité Santé orale Université Sorbonne Paris Cité Santé orale Université Paris Cité Santé orale Université Côte d'Azur - Faculté de Chirurgie Dentaire Hôpital Saint-Roch [Nice] Aix-Marseille Université - Faculté des sciences médicales et paramédicales
• Publié dans Information Dentaire le 23/10/2020

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Résumé : Enfin le grand jour ! Celui attendu avec impatience, parfois avec un brin d’appréhension : LA dépose de l’appareil orthodontique. Ce moment symbolique où le patient, prêt à chanter « Libéré, délivré », sent souffler un vent de liberté. Un parcours de soins partagé s’achève, souvent long, ponctué de réévaluations et parfois de plusieurs appareils… Mais c’est aussi une tranche de vie vécue aux côtés des patients et de leurs familles, avec des liens qui se sont tissés au fil du temps. Et pour nous, Orthodontistes, ce moment va bien au-delà du simple retrait de l’appareil : il marque le passage du traitement actif à la phase de contention. Un vaste sujet, la contention… Mais aujourd’hui, concentrons-nous sur l’étape intermédiaire : la fameuse dépose de la colle orthodontique restante !

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Fichiers liés : Le débaguage orthodontique.pdf

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• Type de publi. : Pré-publication, Document de travail
• Date de publi. : 10/10/2025
• Auteurs : Camila GoldySamantha MoulinYutaro ShimizuGuillaume CeruttiVincent BayleMagali S GrisonYvon JaillaisDavid BouchezYohann BouttéMartine PastugliaPhilippe AndreyMarie-Cécile Caillaud
• Organismes : Reproduction et développement des plantes Reproduction et développement des plantes Laboratoire de biogenèse membranaire Reproduction et développement des plantes Reproduction et développement des plantes Laboratoire de biogenèse membranaire Reproduction et développement des plantes Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du végétal Laboratoire de biogenèse membranaire Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du végétal Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du végétal Reproduction et développement des plantes

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Résumé : In multicellular organisms, cell division shapes tissue architecture, cell identity, and function. In walled organisms like plants, division plane orientation irreversibly defines tissue topology and is tightly regulated. While divisions often follow the shortest path enclosing cell volume, certain cells deviate, dividing perpendicular to the growth axis. Tissue-scale mechanical stress has been proposed to guide such orientation, but how these cues are integrated remains unclear. Here, we re-examine the role of the actin cytoskeleton in orienting cell division in Arabidopsis root epidermis. Combining cell biology, genetics, pharmacological treatments, 3D segmentation, and modelling, we show that actin is a central molecular actor required to establish cell division orientation against the geometrical rules, highlighting its role in integrating spatial information.

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Fichiers liés : 2025.08.18.670899v1.full.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 09/10/2025
• Auteurs : Marie-Ange FleuryLouis OhlLionel TastetMickaël LeclercqFrédéric PreciosoPierre-Alexandre MatteiRomain CapouladeKathia AbdounÉlisabeth BédardMarie ArsenaultJonathan BeaudoinMathieu BernierErwan SalaunJérémy BernardMylène ShenSébastien HechtNancy CôtéArnaud DroitPhilippe Pibarot
• Organismes : Université Laval [Québec] Linköping University Division of Cardiovascular Medicine [Univ California San Diego] Université Laval [Québec] Modèles et algorithmes pour l’intelligence artificielle Modèles et algorithmes pour l’intelligence artificielle ITX-lab unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital Université Laval [Québec] Université Laval [Québec] Université Laval [Québec] Université Laval [Québec] Université Laval [Québec] Université Laval [Québec] Université Laval [Québec] Université Laval [Québec] Université Laval [Québec] Université Laval [Québec] Université Laval [Québec] Université Laval [Québec]
• Publié dans European Heart Journal - Digital Health le 17/02/2023

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Résumé : Aims: There is a lack of studies investigating the pathophysiologic and phenotypic distinctiveness of aortic stenosis (AS). This heterogeneity has important implications for identifying optimal intervention timing and potential medical management. This study seeks to identify phenogroups of AS using unsupervised machine learning to improve risk stratification. Methods and results: A total of 349 patients with asymptomatic AS from the PROGRESSA study were included in this analysis. Echocardiographic, clinical and blood sample data were used in the unsupervised clustering process. Longitudinal echocardiographic data were used to evaluate AS progression. Five clusters of patients were revealed using 18 variables selected by an unsupervised machine learning algorithm. Amongst them, aortic valvular phenotype, mean gradient, peak jet velocity (Vpeak), and left ventricle stroke volume were selected as discriminatory variables. Following the clustering process, characteristics differed between clusters, including age, body mass index, and sex ratio (all P < 0.001). Of note, cluster 1 showed higher AS severity at baseline with significantly higher initial Vpeak (344 [314; 376] cm/s) and calcium score (1257 [806; 1837] UA) (P < 0.001). Patients from cluster 1 had a faster AS progression (progression of Vpeak = 22 [9; 39] cm/s/year), and calcium score (213 [111; 307] UA/year) (P < 0.001). Cluster 1 was also associated with a higher composite risk of mortality and aortic valve replacement when adjusted for age, sex, and baseline AS severity (P < 0.001). Conclusion: Artificial intelligence-guided phenotypic classification revealed 5 distinct groups and enhanced risk stratification of patients with AS. This approach may be useful to optimize and individualize medical and interventional management of AS.

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Fichiers liés : ztaf115.pdf

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• Type de publi. : Communication dans un congrès
• Date de publi. : 09/10/2025
• Auteurs : Louison BlinAriane PayneSuzanne BastianCarole ToïgoPhilippe GibertHélène ThibertPascal MarchandJean-Michel JullienThibaut AmblardMathieu BeurierChristian IttyMélanie LarueXavier RozecPierre MenautEric BuffardJeanne DuhayerMathieu Garel
• Organismes : Service anthropisation et fonctionnement des écosystèmes terrestres Service santé de la faune et fonctionnement des écosystèmes agricoles Service santé de la faune et fonctionnement des écosystèmes agricoles Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale Service anthropisation et fonctionnement des écosystèmes terrestres Service santé de la faune et fonctionnement des écosystèmes agricoles Service anthropisation et fonctionnement des écosystèmes terrestres Service anthropisation et fonctionnement des écosystèmes terrestres Service anthropisation et fonctionnement des écosystèmes terrestres OFB Direction régionale Occitanie Service anthropisation et fonctionnement des écosystèmes terrestres OFB Direction régionale Occitanie OFB Direction régionale Bretagne Parc national des Pyrénées Service santé de la faune et fonctionnement des écosystèmes agricoles Service anthropisation et fonctionnement des écosystèmes terrestres

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Résumé : Quels sont les niveaux de prévalence d'A. phagocytophilum chez les ongulés de montagne, et quels facteurs écologiques et individuels en conditionnent la présence ?

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 08/10/2025
• Auteurs : Juliette RoparsClaude CancesRocio Garcia-UzquianoMarta Gomez-Garcia de la BandaChristine BarneriasFrédérique AudicJulien DurigneuxCécile HalbertLionelle NkamVincent LaugelCaroline EspilUlrike Walther-LouvierJean-Baptiste DavionArnaud IsapofLaure Le GoffIsabelle DesguerreSusana Quijano-RoyLamiae GrimaldiDjillali AnnaneShahram AttarianNathalie BachRémi BellancePatrick BerquinPierre Beze-BeyrieFrancois Constant BoyerBrigitte ChabrolMondher ChouchaneAriane ChoumertPascal CintasElisa de la CruzKumaran DeivaKlaus DieterichSophie DuclosAndoni Echaniz-LagunaNarcisse ElengaCaroline Espil-TarisOlivier FlabeauMelanie FradinRachel FrogetKarima GhorabGaëlle GousseMarine GuichardLucie Guyant-MarechalAgnès Jacquin-PiquesAnne-Laure KaminskyPascal LaforetClémentine LambertLeila LazaroEdoardo MalfattiSandra MercierPhilippe Edouard MerleMaud MichaudAleksandra Nadaj-PaklezaSylvain NolletMarie-Christine NougesJean-Baptiste NouryYann PereonAnne PervilléChristian RichelmePascal SabouraudSabrina SacconiElisabeth SarrazinCatherine SarretCyril SchweitzerGuilhem SoleMarco SpinazziTanya StojkovicMarie ThibaudValérie TrommsdorfJon Andoni UrtizbereaCatherine VanhulleCarole Vuillerot
• Organismes : Hôpital Morvan - CHRU de Brest Laboratoire de Traitement de l'Information Medicale Service Neurologie Pédiatrique [CHU Toulouse] Filière Neuromusculaire Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP] Filière Neuromusculaire Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP] Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Hôpital de la Timone [CHU - APHM] Aix Marseille Université Centre Hospitalier Universitaire d'Angers Hôpital de la Timone [CHU - APHM] Aix Marseille Université Direction de la Recherche Clinique et de l'Innovation [AP-HP] Centre d'Investigation Clinique [Grenoble] CHU de Bordeaux Pellegrin [Bordeaux] Filière Neuromusculaire Hôpital Gui de Chauliac [CHU Montpellier] Lille Neurosciences & Cognition - U 1172 CHU Trousseau [APHP] Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) Service de Neurologie pédiatrique [Hôpital Necker-Enfants Malades] Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP] Hôpital Bicêtre [GHU AP-HP. Université Paris-Saclay, Le Kremlin-Bicêtre] Infection et inflammation Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP] Hôpital de la Timone [CHU - APHM] Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille Observatoire National Français des patients atteints de DMFSH Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du végétal Centre hospitalier de Pau Contrôle de la Réponse Immune B et des Lymphoproliférations Hôpital de la Timone [CHU - APHM] Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand CHU Sud Saint Pierre [Ile de la Réunion] Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse Institut des Neurosciences de Montpellier CHU Montpellier = Montpellier University Hospital Unité de rééducation neurologique pédiatrique [Bicêtre] Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes Institut universitaire de France CHU de Grenoble-Alpes - Centre Hospitalier Universitaire CHU Grenoble Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique] Hôpital Bicêtre [GHU AP-HP. Université Paris-Saclay, Le Kremlin-Bicêtre] Université Paris-Saclay Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française] Université de Bordeaux Vect-Horus Centre d'investigation clinique Antilles-Guyane Réseau Périnat de Guyane [Cayenne, Guyanne Française] Centre d’investigation clinique Antilles Guyane (CIC INSERM 1424), Centre hospitalier de Cayenne CHU de Bordeaux Pellegrin [Bordeaux] Centre Hospitalier de la Côte Basque Centre Hospitalier Universitaire [Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou] Centre de référence Maladies Rares CLAD-Ouest [Rennes] Service de Pédiatrie médicale [CHU Limoges] CHU Limoges Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] Institut Pascal
• Publié dans JAMA Network Open le 29/10/2020

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Résumé : Therapeutic advances have transformed the prognosis of spinal muscular atrophy (SMA). Given the lifelong implications of these innovative therapies, comparative data on their efficacy are urgently required. OBJECTIVE To compare clinical outcomes of nusinersen and onasemnogene abeparvovec gene therapy as first-line treatments in children with SMA type 1 (SMA1). DESIGN, SETTING, AND PARTICIPANTS This comparative effectiveness study used data from the French National SMA Registry from September 2016 to July 2024. The follow-up period started at treatment initiation and continued until July 22, 2024, or death. Children with genetically confirmed SMA1 (types a, b, or c) treated within 6 months of diagnosis with either nusinersen or gene therapy as first-line therapy and followed up for at least 24 months were included. Matching criteria included age, baseline score on the Children's Hospital of Philadelphia Infant Test of Neuromuscular Disorders, and respiratory and nutritional status at treatment initiation. EXPOSURE First-line treatment with either nusinersen or gene therapy. MAIN OUTCOMES AND MEASURES : Outcomes included respiratory and nutritional support needs, motor function, and unsatisfactory clinical response (UCR)-a composite of death, treatment switch (or, for gene therapy, addition) due to inadequate response, initiation of feeding support, and/or failure to achieve independent sitting. RESULTS Among 1366 patients enrolled in the registry, 309 were diagnosed with SMA1. Twentyfour children in 12 matched pairs met inclusion criteria (14 [58%] male; mean [SD] age at treatment initiation, 6.1 [3.0] months [range, 2.3-11.9 months]). Three patients (1 receiving gene therapy [8%], 2 receiving nusinersen [17%]) died within the first year of treatment. At 2 years posttreatment, 1 of the 11 surviving patients treated with gene therapy (9%) required nutritional support vs 5 of 10 (50%) treated with nusinersen, and nocturnal ventilation was required in 5 of 11 (45%) receiving gene therapy vs 8 of 10 (80%) receiving nusinersen. Motor outcomes were comparable between groups (mean [SE] intrapair difference in CHOP-INTEND score evolution, -1.69 [1.24] points; P = .17). UCR occurred in 8 of 12 patients (67%) receiving nusinersen and 3 of 12 (25%) receiving gene therapy. CONCLUSIONS AND RELEVANCE : In this comparative effectiveness study of children with SMA1, gene therapy was associated with lower incidence of UCR and fewer supportive care needs vs nusinersen. These exploratory findings warrant confirmation in larger studies.

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Fichiers liés : ropars_2025_oi_251008_1759324734.64672.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 07/10/2025
• Auteurs : Anaïs LopezAlexia PaturelNadim FaresFloriane PezGuanxiong WangPatricia GifuLydie LefrançoisJihed ChouarefPierre SaintignyJanick SelvesJean-Marie PeronMichel RivoirePhilippe MerleClaude Caron de Fromentel
• Organismes : Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon UR CONFLUENCE : Sciences et Humanités (EA 1598) Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Université Claude Bernard Lyon 1 Centre Léon Bérard [Lyon] Dynamiques du Cancer, adaptation et modélisation Centre Léon Bérard [Lyon] Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon
• Publié dans PLoS ONE le 25/10/2020

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Résumé :

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Fichiers liés : journal.pone.0332768 (1).pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 07/10/2025
• Auteurs : David ValloisEdoardo MissiagliaLuis VelozaAnja FischerDoriane CavalieriVimel RattinaBettina BisigVincent RohLaura WiehleRita SarkisEmmanuel BachyChristophe BonnetJulie BruneauAnne CairoliRoland de WindFanny DrieuxRomain DuboisJean François J.F. EmileVirginie FataccioliKamel LaribiAlbane Ledoux-PilonFrançois LemonnierFrancisco Llamas-GutierrezPierre MorelMarie ParrensElsa PoullotLeticia Quintanilla-MartinezJeremy SandriniJoan SomjaLuc XerriOlivier TournilhacPhilippe GaulardReiner SiebertLaurence de Leval
• Organismes : Centre Hospitalier Universitaire Vaudois = Lausanne University Hospital [Lausanne] Centre Hospitalier Universitaire Vaudois = Lausanne University Hospital [Lausanne] Université de Lausanne = University of Lausanne Centre Hospitalier Universitaire Vaudois = Lausanne University Hospital [Lausanne] Hôpital Claude Huriez [Lille] Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Imagine - Institut des maladies génétiques Université de Lausanne = University of Lausanne Centre Hospitalier Universitaire Vaudois = Lausanne University Hospital [Lausanne] Immuno-Biologie des Lymphomes [CIRI] Université Claude Bernard Lyon 1 iLM - Agrégats et nanostructures Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP] Université Paris Cité Centre Hospitalier Universitaire Vaudois = Lausanne University Hospital [Lausanne] Université de Lausanne = University of Lausanne Cancer and Brain Genomics Institut de Pathologie [CHU Lille] Université de Lille Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) CHU Henri Mondor [Créteil] Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans) CHU Estaing [Clermont-Ferrand] Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou] CHU Henri Mondor [Créteil] Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille
• Publié dans Leukemia le 25/10/2020

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Résumé : Abstract Enteropathy-associated intestinal T-cell lymphoma (EATL) and monomorphic epitheliotropic intestinal T-cell lymphoma (MEITL) have distinctive clinical context, morphology, and immunophenotype. To characterize their genetic and molecular specificities, we compared 30 EATLs and 52 MEITLs by whole-exome, RNA and miRNA sequencing and DNA methylation profiling. Highly recurrent SETD2 loss-of-function alterations and frequent mutations of H3-3A/B consistently altering H3R2, implying deregulation of histone marks, were selectively found in MEITL. EATL instead harbored frequent mutations in TET2, ARID1A , and KMT2D . Highly prevalent JAK-STAT pathway mutations preferentially affected JAK3 and STAT5B in MEITL, and JAK1 and STAT3 in EATL. Half of EATLs contained disruptive mutations in HLA class I genes, impacting class I molecule expression. EATL containing more abundant macrophages was enriched in inflammatory response signatures, with upregulation of CD274, CXCL13 , and IDO1 transcripts, suggesting an immunosuppressive tumor microenvironment. CpGs hypomethylated in MEITL compared to EATL were enriched in promoter regions. Unsupervised analyses of mutations, transcription, and methylation profiles concordantly segregated EATLs from MEITLs. In summary, the distinctive genetic, epigenetic, and expression footprints of EATL and MEITL established by this study expand disease-defining features, have diagnostic implications, and provide a rationale for targeted therapies.

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