Philippe JEAN-PIERRE

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• Type de publi. : Pré-publication, Document de travail
• Date de publi. : 04/03/2025
• Auteurs : Aude NicolasRichard ShervaBenjamin Grenier-BoleyYoontae KimMasataka KikuchiJigyasha TimsinaItziar de RojasMaría Carolina DalmassoXiaopu ZhouYann Le GuenCarlos Arboleda-BustosMaria Aparecida Camargos BicalhoMaëlenn GuerchetSven van der LeeMonica GossAtahualpa CastilloCéline BellenguezFahri KüçükaliClaudia SatizabalBernard FongangQiong YangOliver PetersAnja SchneiderMartin DichgansDan RujescuNorbert ScherbaumJürgen DeckertSteffi Riedel-HellerLucrezia HausnerLaura Molina PorcelEmrah DüzelTimo GrimmerJens WiltfangStefanie Heilmann-HeimbachSusanne MoebusThomas TegosNikolaos ScarmeasOriol Dols-IcardoFermin MorenoJordi Pérez-TurMaría BullidoPau PastorRaquel Sánchez-ValleVictoria ÁlvarezHan CaoNancy IpAmy FuFanny IpNatividad OlivarCarolina MuchnikCarolina CuestaLorenzo CampanelliPatricia SolisDaniel Gustavo PolitisSilvia KochenLuis Ignacio BruscoMercè BoadaPablo García-GonzálezRaquel PuertaPablo MirLuis RealGerard Piñol-RipollJose María García-AlbercaJose Luís RoyoEloy Rodriguez-RodriguezHilkka SoininenSami HeikkinenAlexandre de MendonçaShima MehrabianLatchezar TraykovJakub HortMartin VyhnalekKatrine Laura RasmussenJesper Qvist ThomassenYolande A.L. PijnenburgHenne HolstegeJohn van SwietenHarro SeelaarJurgen A.H.R. ClaassenWillemijn JansenInez RamakersFrans VerheyAad van der LugtPhilip ScheltensJenny Ortega-RojasAna Gabriela Concha MeraMaria MahechaRodrogo PardoGonzalo ArboledaShahram BahramiVera FominykhGeir SelbækCaroline GraffGoran PapenbergVilmantas GiedraitisAnne BolandJean-François DeleuzeLuiz Armando de MarcoEdgar Nunes de MoraesBernardo de Mattos VianaMarco Túlio Gualberto CintraTeresa Juárez-CedilloAnthony GrsiwoldTatiana ForundJonathan HainesLindsay FarrerAnita DestefanoEllen WijsmanRichard MayeuxMargaret Pericak-VanceBrian KunkleAlison GoateGerard SchellenbergBadri VardarajanLi-San WangYuk Yee LeungClifton DalgardGaël NicolasDavid WallonCarole DufouilFlorence PasquierOlivier HanonStéphanie DebetteEdna GrünblattJulius PoppBárbara AngelSergio GolgerMaria Victoria ChaconRafael AranguizPaulina OrellanaAndrea SlachevskyChristian Gonzalez-BillaultCecilia AlbalaPatricio FuentesPerminder SachdevKaren MatherRichard HaugerVictoria MerrittMatthew PanizzonRui ZhangMichael GazianoRoberta GhidoniDaniela GalimbertiBeatrice ArosioPatrizia MecocciVincenzo SolfrizziLucilla ParnettiAlessio SquassinaLucio TremolizzoBarbara BorroniBenedetta NacmiasPaolo CaffarraDavide SeripaInnocenzo RaineroAntonio DanieleFabrizio PirasHampton LeonardJennifer YokoyamaMike NallsAkinori MiyashitaNorikazu HaraKouichi OzakiShumpei NiidaJulie WilliamsCarlo MasulloPhilippe AmouyelPierre-Marie PreuxPascal MbelessoBébène BandzouziAndrew J SaykinFrank JessenPatrick KehoeCornelia van DuijnNesrine Ben SalemRuth Frikke-SchmidtLofti CherniMichael GreiciusMagda TsolakiPascual Sánchez-JuanMarco Aurélio Romano SilvaTenielle PorterSimon LawsKristel SleegersMartin IngelssonJean-François DartiguesSudha SeshadriGiacomina RossiLaura MorelliMikko HiltunenRebecca SimsWiesje M van der FlierOle AndreassenHumberto ArboledaCarlos CruchagaValentina Escott-PriceAgustín RuizKun Ho LeeTakeshi IkeuchiAlfredo RamirezJungsoo GimMark LogueJean-Charles Lambert
• Organismes : Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies liées au Vieillissement - U 1167 Institut du Cerveau = Paris Brain Institute Virginia Commonwealth University Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies liées au Vieillissement - U 1167 The University of Osaka Epidémiologie des Maladies Chroniques en zone tropicale Laboratory of Chronic and Neurological Diseases Epidemiology Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies liées au Vieillissement - U 1167 Centre National de Recherche en Génomique Humaine Centre National de Recherche en Génomique Humaine Fondation Jean Dausset - Centre d’Études du Polymorphisme Humain Centre de référence, d’innovation, d’expertise et de transfert Epidémiologie des Maladies Chroniques en zone tropicale Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies liées au Vieillissement - U 1167

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Résumé : A polygenic score (PGS) for Alzheimer’s disease (AD) was recently derived from data on genome-wide significant loci in European ancestry populations. We applied this PGS to populations in 17 European countries and observed a consistent association with AD risk, age at onset, and cerebrospinal fluid levels of AD biomarkers, independently of apolipoprotein E (APOE) . This PGS was also associated with the AD risk in many other populations of diverse ancestries. A cross-ancestry polygenic risk score (PRS) improved the association with AD risk in most of the multi-ancestry populations tested when the APOE region was included. Lastly, we found that the PGS/PRS, captured AD-specific information because the association weakened as the diagnosis was broadened. In conclusion, a simple PGS captures the AD-specific genetic information that is common to populations of different ancestries, but studies of more diverse populations are still needed for a better characterization of the AD genetics.

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Fichiers liés : 2023.10.17.23297061v2.full.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 03/03/2025
• Auteurs : Erell GachonJérémie BigotElsa CazellesAudrey BidetJean-Philippe VialPierre-Yves DumasAguirre Mimoun
• Organismes : Institut de Mathématiques de Bordeaux Institut de Mathématiques de Bordeaux Centre National de la Recherche Scientifique Signal et Communications Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux
• Publié dans Cytometry Part A le 31/10/2020

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Résumé : Representing and quantifying Minimal Residual Disease (MRD) in Acute Myeloid Leukemia (AML), a type of cancer that affects the blood and bone marrow, is essential in the prognosis and follow-up of AML patients. As traditional cytological analysis cannot detect leukemia cells below 5\%, the analysis of flow cytometry dataset is expected to provide more reliable results. In this paper, we explore statistical learning methods based on optimal transport (OT) to achieve a relevant low-dimensional representation of multi-patient flow cytometry measurements (FCM) datasets considered as high-dimensional probability distributions. Using the framework of OT, we justify the use of the K-means algorithm for dimensionality reduction of multiple large-scale point clouds through mean measure quantization by merging all the data into a single point cloud. After this quantization step, the visualization of the intra and inter-patients FCM variability is carried out by embedding low-dimensional quantized probability measures into a linear space using either Wasserstein Principal Component Analysis (PCA) through linearized OT or log-ratio PCA of compositional data. Using a publicly available FCM dataset and a FCM dataset from Bordeaux University Hospital, we demonstrate the benefits of our approach over the popular kernel mean embedding technique for statistical learning from multiple high-dimensional probability distributions. We also highlight the usefulness of our methodology for low-dimensional projection and clustering patient measurements according to their level of MRD in AML from FCM. In particular, our OT-based approach allows a relevant and informative two-dimensional representation of the results of the FlowSom algorithm, a state-of-the-art method for the detection of MRD in AML using multi-patient FCM.

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Fichiers liés : Low_dimensional_representation_of_multi_patient_flow_cytometry_datasets_using_optimal_transport_for_measurable_residual_disease_detection_in_leuke__1_.pdf

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• Type de publi. : Chapître d'ouvrage
• Date de publi. : 03/03/2025
• Auteurs : Jean-Philippe EglingerPierre Journoud
• Organismes : Institut National des Langues et Civilisations Orientales Université de Montpellier Paul-Valéry Centre de Recherches Interdisciplinaires en Sciences humaines et Sociales de Montpellier

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Fichiers liés : ase2025-online.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/03/2025
• Auteurs : Yann PéréonDavid AdamsJean-Philippe CamdessanchéJean-Baptiste ChansonPascal CintasLaurent MagyAïssatou SignatéGuilhem SoléJuliette SvahnCéline TardCyrla HababouShahram Attarian
• Organismes : Physiopathologie Animale et bioThérapie du muscle et du système nerveux Maladies et hormones du système nerveux Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] Hôpitaux Universitaires de Strasbourg Filière Neuromusculaire Service Neurologie Pédiatrique [CHU Toulouse] Service de Neurologie [CHU Limoges] Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique] Université de Bordeaux Hôpital Pellegrin Hôpital neurologique et neurochirurgical Pierre Wertheimer [CHU - HCL] Lille Neurosciences & Cognition - U 1172 Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille] Hôpital de la Timone [CHU - APHM] Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille
• Publié dans Orphanet Journal of Rare Diseases le 27/10/2020

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Résumé : Abstract Background and aims Hereditary transthyretin amyloidosis (ATTRv) should be considered in patients diagnosed with intravenous immunoglobulin (IVIg)-resistant chronic inflammatory demyelinating polyradiculoneuropathy (IVIg-NR CIDP). In this 1-year long, retrospective, multicentric study, an online questionnaire was sent to 1100 French healthcare professionals (HCPs) investigating: (i) how many IVIg-NR CIDP patients they followed; (ii) how many IVIg-NR CIDP patients had undergone TTR gene analysis; and (iii) how many IVIg-NR CIDP patients were eventually diagnosed with ATTRv. The questionnaire was sent every 3 months for 1 year and contained information on ATTRv clinical manifestations and diagnosis. Results One-hundred and ten (10%) HCPs responded. A total of 2131 patients with CIDP were identified, including 315 (22.1%) with IVIg-NR CIDP. TTR gene analysis was performed in 144 patients and was positive in 43 cases (29.9%). Conclusions This study demonstrates that ATTRv should be investigated systematically in patients diagnosed with IVIg-NR CIDP. HCP-directed information campaigns are useful for modifying diagnostic practices.

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/03/2025
• Auteurs : Tim DarsautJean-Christophe GentricJonathan HeppnerCamille LopezRoland JabreDaniela IancuDaniel RoyAlain WeillMichel BojanowskiChiraz ChaalalaPierre-Olivier CombyDavid RobergeChristophe CognardAnne-Christine JanuelJean-Francois SabatierHubert DesalVincent RoualdesJean-Christophe FerréQuentin AliasChrysanthi PapagiannakiStéphane DerreyStanislas SmajdaSorin AldeaThomas GaberelCharlotte BarbierXavier BarreauGaultier MarnatVincent JeckoRene AnxionnatIsabelle MerlotThanh NguyenMohamad AbdalkaderChloe DumotRoberto RivaThomas GraillonLucas TroudeBasile KerlerouxIrene OllivierRemy BeaujeuxGrégoire BoulouisAlexia Planty-BonjourLaurent SpelleVanessa ChalumeauOlivier NaggaraPierre-Henri LefevreMarine Le CorreEimad ShotarAndrew CarlsonAlessandra BiondiLaurent ThinesRabih TawkThien HuynhRobert FahedJ. Max FindlayEmmanuel ChabertJustine ZehrGuylaine GevryRuby KlinkGeraldine ViardElsa MagroJean Raymond_ _Daniela IancuDaniel RoyAlain WeillJean RaymondPierre-Olivier CombyMichel BojanowskiChiraz ChaalalaRoland JabreDavid RobergeTim DarsautJonathan HeppnerCian O’kellyMichael ChowJ. Max FindlayJeremy RempelRobert FahedHoward LesiukBrian DrakeMarlene dos SantosJean-Christophe GentricCamille LopezMichel NonentJulien OgnardMourad Cheddad El-AouniElsa MagroRomuald SeizeurSerge TimsitOlivier PradierHubert DesalRomain BoursierFrançois ThillaysVincent RoualdesMichel PiotinRaphael BlancStanislas SmajdaSorin AldeaChristophe CognardAnne-Christine JanuelJean-François SabatierLionel CalviereJean-Yves GauvritFrançois EugeneJean-Christophe FerréQuentin AliasJulien BoucheritXavier MorandiIsabelle LecouillardAurelien BriensThomas RonziereStephane VannierDenis TrystramOlivier NaggaraChristine Rodriguez-RegentBasile KerlerouxCharlotte BarbierThomas GaberelEvelyne EmeryEmmanuel TouzeChrysanthi PapagiannakiStéphane DerreyOmer EkerRoberto RivaIsabelle Pellisou-GuyotatJacques GuyotatMonsef BerhoumaChloé DumotAlessandra BiondiLaurent ThinesNassim BougaciGuillaume CharbonnierSerge BracardRené AnxionnatBenjamin GoryIsabelle MerlotThierry CivitValérie Bernier-ChastagnerXavier BarreauGaultier MarnatVincent JeckoGuillaume PenchetEdouard GimbertAymeri HuchetDenis HerbreteauGrégoire BoulouisRichard BibiHéloïse IferganKévin JanotAlexia Planty-BonjourStéphane VelutHervé BrunelPierre-Hugues RocheThomas GraillonHadrien PeyriereJean-Marc KayaAdamou ToutaLucas TroudeSébastien BoissonneauFrédéric ClarençonEimad ShotarNader SourourStéphanie LenckKévin PrematAnne-Laure BochPhilippe CornuAurélien NouetVincent CostalatAlain BonafeCyril DargazanliGregory GascouPierre-Henri LefevreCarlos RiquelmeMarine Le CorreRémy BeaujeuxRaoul PopFrançois ProustHélène CebulaIrène OllivierGiorgio SpatolaLaurent SpelleVanessa ChalumeauSophie GallasLéon IkkaCristian MihaleaAugustin OzanneJildaz CaroffEmmanuel ChabertCharbel MounayerAymeric RouchaudFrançois CaireFrédéric RicolfiPierre ThouantCatherine CaoKlaus-Luc MourierWalid FarahThanh NguyenMohamad AbdalkaderThien HuynhRabih TawkAndrew CarlsonLuciana Alves Oliveira SilvaNayara de Lima FroioGisele Sampaio SilvaFrancisco Mont’alverneJose Luri MartinsGeorge Nunes MendesRodrigo Rivera Miranda
• Organismes : Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille Institut Marseille Maladies Rares Service de neurochirurgie [CHU Marseille]
• Publié dans Journal of Neurosurgery le 26/10/2020

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Résumé : OBJECTIVE Many patients recruited in the Treatment of Brain Arteriovenous Malformations Study (TOBAS) are managed conservatively. The aim of this study was to monitor what happened to those patients. METHODS TOBAS comprises two randomized controlled trials and multiple prospective registries. All patients with brain arteriovenous malformations (AVMs) can participate. This report concerns patients selected for conservative management. The primary trial outcome measure is related death or dependency (modified Rankin Scale [mRS] score > 2) at 10 years. Secondary outcomes include intracranial hemorrhages, nonhemorrhagic neurological events, and serious adverse events (SAEs). For this report, outcome results are presented using patient-years, Kaplan-Meier survival curves, and Cox log-rank tests. There was no blinding. RESULTS From June 2014 to May 2021, 1010 patients were recruited, of whom 498 (49%) were proposed the prospective observation registry. After exclusions, 434 (87%) patients remained for analysis. The majority of patients had unruptured AVMs (378/434 [87%]), of which 195 (52%) were low grade (Spetzler-Martin grade I or II). During a mean follow-up period of 3.2 years (total 1368 patient-years), the primary outcome occurred in 23 of 434 (5%) patients, corresponding to an incidence of 1.7 (95% CI 1.1–2.5) per 100 patient-years. For unruptured AVMs the incidence was 1.1 (95% CI 0.7–1.9) per 100 patient-years, and for low-grade unruptured AVMs it was 0.6 (95% CI 0.2–1.7) per 100 patient-years. Poor outcomes were more frequent in patients with a history of rupture (HR 5.6 [95% CI 2.4–13.0], p < 0.001), infratentorial AVMs (HR 2.9 [95% CI 1.1–7.3], p = 0.027), and age ≥ 55 years (HR 3.2 [95% CI 1.4–7.6], p = 0.007). Major intracranial hemorrhage occurred in 35 of 434 (8%) patients (incidence of 2.6 [95% CI 1.9–3.6] per 100 patient-years; 2.0 [95% CI 1.3–2.9] per 100 patient-years for unruptured AVMs and 1.3 [95% CI 0.6–2.6] per 100 patient-years for low-grade unruptured AVMs). Major AVM hemorrhages were more frequent in ruptured (HR 4.4 [95% CI 2.1–8.9], p < 0.001), large (HR 2.6 [95% CI 1.1–6.6], p = 0.039), and high-grade (HR 2.5 [95% CI 1.2–5.3], p = 0.013) AVMs and those with deep venous drainage (HR 2.1 [95% CI 1.1–4.2], p = 0.032). SAEs occurred in 48 of 434 (11%) patients (incidence of 3.6 [95% CI 2.7–4.8] per 100 patient-years). For unruptured AVMs the incidence was 2.8 (95% CI 2.0–4.0) per 100 patient-years, and for low-grade unruptured AVMs it was 1.8 (95% CI 1.0–3.2) per 100 patient-years. CONCLUSIONS Nearly half of TOBAS participants were observed. Rates of untoward neurological events were within expected boundaries.

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Fichiers liés : j-neurosurg-article-p637.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/03/2025
• Auteurs : Bruno FautrelJoanna KedraPierre-Antoine JugeClaire RempenaultJuliette DrouetJérôme AvouacAthan BailletOlivier BrocqGuillermo Carvajal AlegriaArnaud ConstantinEmmanuelle DernisCécile Gaujoux-VialaVincent GoebJacques-Eric GottenbergBenoit Le GoffHubert MarotteChristophe RichezJean-Hugues SalmonAlain SarauxEric SenbelRaphaèle SerorAnne TournadreOlivier VittecoqPascale EscaffreDanielle VacherPhilippe DieudéClaire Immediato Daien
• Organismes : Pharmacoépidémiologie et évaluation des soins [iPLesp] Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique Hôpital Lapeyronie [CHU Montpellier] Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique Hôpital Cochin [AP-HP] Université Paris Cité Translational Innovation in Medicine and Complexity / Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité - UMR 5525 Centre Hospitalier Princesse Grace Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans) Institut Desbrest d'Epidémiologie et de Santé Publique Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes CHU Amiens-Picardie HEMATIM - Hématopoïèse et immunologie - UR UPJV 4666 Hôpital de Hautepierre [Strasbourg] Regenerative Medicine and Skeleton Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital Santé Ingénierie Biologie Saint-Etienne Hôpital Pellegrin Immunology from Concept and Experiments to Translation = Immunologie Conceptuelle, Expérimentale et Translationnelle Hôpital universitaire Robert Debré [Reims] Lymphocytes B, Autoimmunité et Immunothérapies CHRU Brest - Service de Rhumatologie Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM]
• Publié dans Revue du Rhumatisme le 29/10/2020

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Résumé : Plusieurs erreurs se sont glissées dans les affiliations de la version imprimée de l’article « Actualisation 2024 des recommandations de la Société française de rhumatologie pour le diagnostic et la prise en charge des personnes souffrant de polyarthrite rhumatoïde » publié dans notre numéro de décembre 2024. Plusieurs affiliations ont été décalées et ainsi mal attribuées. Nous republions donc ci-dessus la liste des auteurs et leurs affiliations respectives exactes. Nous prions les auteurs et nos lecteurs de bien vouloir nous excuser pour cette erreur.

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• Type de publi. : Rapport
• Date de publi. : 01/03/2025
• Auteurs : Sabine ArbeilleDenis BourguetRegina DashkinaPhilippe DelcrosErwin DreyerChristian DuquennoiValérie GaudinThomas GuillemaudAntoine KremerVéronique LesageRafael Muñoz-TamayoIsabelle Ortigues MartyStephanie RennesMasoomeh TaghipoorDenis Tagu
• Organismes : Direction pour la Science Ouverte Centre de Biologie pour la Gestion des Populations Direction de l'Expertise scientifique collective, de la Prospective et des Etudes Direction pour la Science Ouverte SILVA Procédés biotechnologiques au service de l'environnement Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du végétal Institut Sophia Agrobiotech Biodiversité, Gènes & Communautés Direction pour la Science Ouverte Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 Direction des affaires juridiques Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants Direction de l'évaluation

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Résumé : La science ouverte a pour but explicite de rendre accessible à l’ensemble de la communauté scientifique, et plus largement au grand public, les connaissances produites par la recherche scientifique. Les publications qui en résultent concernent les multiples facettes de la recherche telles que les résultats, mais aussi les hypothèses, les méthodes employées ou de larges collections de données. La transparence est une des valeurs fondamentales de l’intégrité scientifique à laquelle la science ouverte peut largement contribuer en la promouvant et l’organisant. La science ouverte encourage en effet les pratiques honnêtes et rigoureuses en mettant à disposition toutes les informations sur le processus de recherche, et permet entre autres d’améliorer la reproductibilité des résultats de recherche. Elle contribue également à instaurer, restaurer, consolider la confiance dans la recherche et la sérénité des débats scientifiques. Elle permet en outre de rendre perceptibles les débats internes essentiels à la recherche de consensus scientifique sur les questions traitées. La diffusion des connaissances par la publication scientifique est considérée comme le cœur de l’activité de tout personnel scientifique tant vis-à-vis de la communauté scientifique que de la société. Le mouvement de fond que constitue la science ouverte est venu fortement modifier les pratiques de publication : libre accès aux contenus (open access), pré-enregistrements des hypothèses et protocoles (pre-registrations, registered reports), libre accès aux rapports de reviewing par les pairs (open peer reviewing), libre accès aux données et aux codes en sont quelques exemples. La nature même du contenu des publications évolue également : certaines revues offrent désormais la possibilité de faire évaluer par les pairs et de publier des hypothèses, des données (data papers) mais aussi des codes de calcul, des « matériels et méthodes » exhaustifs et opérationnels, voire des résultats négatifs ou des réplications de résultats, ainsi que certaines étapes des processus éditoriaux. Ces (r)évolutions contribuent à renforcer les pratiques intègres de la science. INRAE, établissement engagé dans une politique de science ouverte comme il est énoncé dans son document d’orientation 2030, a formulé un ensemble de recommandations aux auteurs de publications scientifiques pour que ces dernières soient librement accessibles. L’ouverture de la science ne présente pas que des opportunités et certains risques pour l’intégrité scientifique peuvent émerger, tels que la diffusion de résultats insuffisamment validés ou la divulgation de données confidentielles (individuelles, administratives ou industrielles). Même s’il ne représente pas en soi un risque pour l’intégrité, le libre accès (open access) avec paiement par les auteurs a cependant favorisé l’émergence de maisons d’édition douteuses (souvent qualifiées de « prédatrices ») proposant en libre accès des articles qui peuvent faire l’objet de processus indigents de validation par les pairs et/ou s’appuyant sur des processus éditoriaux de qualité insuffisante. Très récemment, la mise en accès libre de systèmes d’intelligence artificielle générative présente un risque certain d’utilisation pour des pratiques frauduleuses comme la rédaction automatique, le plagiat ou la fabrication de données. Le présent document a pour objectif de fournir aux scientifiques d’INRAE impliqués dans le processus de publication scientifique quelques recommandations pour une pratique intègre de la publication dans un contexte de science ouverte, en complément du document précédemment cité . Ce texte est le fruit de la réflexion d’un groupe de travail réuni à l’initiative de la Délégation à la déontologie, l’intégrité scientifique et l’éthique des projets de recherche, conjointement à la Direction pour la Science Ouverte (DipSO) et constitué de scientifiques, d’édit.eur.rice.s de revues scientifiques et techniques portées par INRAE et de représentant.e.s de la Délégation ainsi que de membres de la Direction pour la Science Ouverte, de la Direction de l’Évaluation et de la Direction des Affaires Juridiques. Ce document traite spécifiquement des pratiques intègres de publication en lien direct avec la science ouverte et ne prétend pas couvrir l’intégralité des questions générales de science ouverte, ni de publication ou d’intégrité scientifique.

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Fichiers liés : Pratiques intègres de publication scientifique à lheure de la science ouverte.pdf

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/03/2025
• Auteurs : Olivier DelzonsPhilippe GourdainAurélie LacoeuilheJean Ichter
• Organismes : Patrimoine naturel Patrimoine naturel Association des Naturalistes de la Vallée du Loing Patrimoine naturel Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation Service du Patrimoine Naturel Patrimoine naturel
• Publié dans ESpèces - Revue d’Histoire naturelle le 30/10/2020

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/03/2025
• Auteurs : Agathe SadelerStephanos Nikolaos FinitsisJean Marc OlivotSebastien RichardGaultier MarnatIgor SibonLionel CalviereChristophe CognardMikael MazighiJean Philippe DesillesBertrand LapergueRuben TamazyanMathieu ZuberBenjamin GoryBenjamin Maïer
• Organismes : Centre hospitalier Saint-Joseph [Paris] Aristotle University of Thessaloniki Centre d'investigation clinique de Toulouse Service de neurologie [CHRU Nancy] Centre d'investigation clinique plurithématique Pierre Drouin [Nancy] Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique Département de Neuro-Radiologie [Bordeaux] Service de neurologie [Bordeaux] Centre d'investigation clinique de Toulouse Service Neuroradiologie Diagnostique et Thérapeutique [CHU Toulouse] Hôpital Fondation Adolphe de Rothschild = Adolphe de Rothschild Foundation Hospital Centre de neurologie cognitive [AP-HP Hôpital Lariboisière] Optimisation thérapeutique en Neuropsychopharmacologie FHU NeuroVasc [CH Sainte-Anne] Hôpital Fondation Adolphe de Rothschild = Adolphe de Rothschild Foundation Hospital Optimisation thérapeutique en Neuropsychopharmacologie FHU NeuroVasc [CH Sainte-Anne] Hôpital Foch [Suresnes] Centre hospitalier Saint-Joseph [Paris] FHU NeuroVasc [CH Sainte-Anne] Centre hospitalier Saint-Joseph [Paris] FHU NeuroVasc [CH Sainte-Anne] Département de neuroradiologie diagnostique et thérapeutique [CHRU Nancy] Imagerie Adaptative Diagnostique et Interventionnelle Centre hospitalier Saint-Joseph [Paris] Hôpital Fondation Adolphe de Rothschild = Adolphe de Rothschild Foundation Hospital Optimisation thérapeutique en Neuropsychopharmacologie FHU NeuroVasc [CH Sainte-Anne]
• Publié dans International Journal of Stroke le 31/10/2020

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Résumé : Background: Increased time from symptom onset to puncture (TSOP) and time from puncture to reperfusion (TPTR) are associated with worse outcome in ischemic stroke patients treated with endovascular therapy (EVT) in the early time window (<6 h). However, these associations are less described in the late window (>6 h), where patients may benefit from EVT because of a more favorable imaging profile (late window paradox). We sought to compare the effect of these timeframes between these two periods on efficacy and safety outcomes. Methods: The ETIS (Endovascular Treatment in Ischemic Stroke) registry is an ongoing, prospective, observational study in 21 centers that perform EVT in France. We included adult patients with an anterior occlusion, successfully treated by EVT (modified treatment in cerebral ischemia (mTICI) 2b-3) between January 2015 and June 2023, with a known time of stroke onset. The cohort was divided into two groups according to the TSOP (⩽6 h vs >6 h). Primary outcome was favorable outcome (modified Rankin Scale 0-2 at 90 days). Results: In total, 7516 patients were included, with 5936 patients being treated ⩽6 h and 1580 >6 h. In the early window, TSOP and TPTR were associated with worse outcomes at 90 days (adjusted odds ratio (aOR) = 0.68 per hour; 95% confidence interval (CI) = 0.64-0.73; p < 0.001 and aOR = 0.92 per 10-min increment; 95% CI = 0.90-0.94, p < 0.001, respectively). TSOP was not associated with worse outcomes at 90 days in the late window (p = 0.955), but TPTR was associated with worse outcomes (aOR = 0.91 per 10-min increment; 95% CI = 0.86-0.96, p = 0.001), every 10 additional minutes in TPTR being associated with a 1.7% (95% CI = 0.6-2.7) decreased probability of favorable outcome. Conclusion: Only EVT procedural time is associated with unfavorable outcomes at 90 days in late window patients. These results highlight how the late window paradox may end at the start of EVT and underscore the need for timely management, particularly for the EVT, even for late window patients with a presumed more favorable imaging profile.

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• Type de publi. : Article dans une revue
• Date de publi. : 01/03/2025
• Auteurs : Coleen RogerAdele LasbleizHugo DaryLauriane PiniPatricia AncelAnezka KovarovaMarie-Pierre RanjevaPatrice DarmonBenedicte GaboritYu FuPatrick J CozzoneMaxime GuyeAnne DutourJean-Philippe Ranjeva
• Organismes : Centre de résonance magnétique biologique et médicale Centre d'Exploration Métabolique par Résonance Magnétique [Hôpital de la Timone - APHM] Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition = Center for CardioVascular and Nutrition research Department of Endocrinology, Conception Hospital, APHM, Marseille, France Centre de résonance magnétique biologique et médicale Centre d'Exploration Métabolique par Résonance Magnétique [Hôpital de la Timone - APHM] Centre de résonance magnétique biologique et médicale Centre d'Exploration Métabolique par Résonance Magnétique [Hôpital de la Timone - APHM] Department of Endocrinology, Conception Hospital, APHM, Marseille, France Centre de résonance magnétique biologique et médicale Centre d'Exploration Métabolique par Résonance Magnétique [Hôpital de la Timone - APHM] Centre d'Exploration Métabolique par Résonance Magnétique [Hôpital de la Timone - APHM] Department of Endocrinology, Conception Hospital, APHM, Marseille, France Department of Endocrinology, Conception Hospital, APHM, Marseille, France Institute of Molecular and Cell Biology [Singapore] Centre de résonance magnétique biologique et médicale Centre d'Exploration Métabolique par Résonance Magnétique [Hôpital de la Timone - APHM] Centre de résonance magnétique biologique et médicale Centre d'Exploration Métabolique par Résonance Magnétique [Hôpital de la Timone - APHM] Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition = Center for CardioVascular and Nutrition research Department of Endocrinology, Conception Hospital, APHM, Marseille, France Centre de résonance magnétique biologique et médicale Centre d'Exploration Métabolique par Résonance Magnétique [Hôpital de la Timone - APHM]
• Publié dans The American Journal of Clinical Nutrition le 29/10/2020

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Résumé : The hypothalamus (HT) plays a crucial role in regulating eating behaviors. Disruptions in its function have been linked to the development of weight-related disorders. Nevertheless, its characterization remains a challenge. Objectives: We assessed the structural alterations of individual HT nuclei related to eating behaviors in patients with weight-related disorders, and their association with body mass index (BMI) and severity of eating disorders. Methods: Forty-four young females with normal weight (HC, n ¼ 21), restrictive anorexia nervosa (AN, n ¼ 13), and living with obesity (OB, n ¼ 10) were explored in vivo using 7-T high-resolution (0.6 mm isotropic voxel) T 1 quantitative magnetic resonance imaging (MRI). Volumes and quantitative T 1 values of individual HT nuclei were compared after whole-brain normalization using nonparametric tests (corrected for multiple comparisons for groups and regions). We investigated the parameters associated with BMI and eating disorders, such as MRI parameters of HT nuclei, ghrelin and leptin levels, depression, and anxiety using multivariate nonlinear partial least square (NIPALS). Results: Both AN and OB showed higher volumes of HT relative to HC (Zscores: 0.78 AE 1.06; 1.43 AE 1.51). AN showed significantly higher volumes and T 1 values of the right paraventricular nucleus (PaVN) (volume Zscore: 1.82 AE 1.45; T 1 Zscore: 3.76 AE 4.67), and higher T 1 values of the left PaVN (Zscore: 2.25 AE 2.37) and right periventricular nuclei (Zscore: 3.73 AE 4.81). NIPALS models showed that lower BMI in AN was associated with structural alterations of the bilateral PaVN, right anterior commissure, and left fornix (FX). Higher BMI in OB was associated with structural alterations within the right PaVN, bilateral FX, left posterior hypothalamic nucleus, right lateral HT, and right anterior hypothalamic area. Finally, the severity of eating disorders was associated with larger structural alterations within the bilateral PaVN, bilateral arcuate hypothalamic nuclei, right bed nucleus of stria terminalis, left medial preoptic nucleus, and right tubero-mammillary hypothalamic nucleus. Conclusions: Weight-related disorders are associated with significant micro and macrostructural alterations in HT nuclei involved in eating behaviors.

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Fichiers liés : Roger_et-al_AJCN_2025.pdf

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